急性淋巴细胞白血病与相关异种移植瘤数据集

资源简介

急性淋巴细胞白血病与相关异种移植瘤数据集

PRJNA116709 是一个聚焦急性淋巴细胞白血病（Acute Lymphocytic Leukemia）的转录组数据集，全称为“Acute Lymphocytic Leukemia versus associated xenografts”。该数据集的核心设计在于比较患者来源的白血病细胞与由这些细胞生成的小鼠异种移植瘤之间的基因表达差异，从而在人类白血病样本与其对应的体内扩增模型之间建立对照。样本来自 6 例急性淋巴细胞白血病患者，白血病细胞取自外周血（peripheral blood）或骨髓（bone marrow），并据此构建小鼠异种移植模型，形成 6 对人源白血病与异种移植瘤的配对样本。数据集归属于肿瘤/白血病分类，主题标签为转录组或基因表达，来源为 NCBI。

【数据集背景】

急性淋巴细胞白血病是一种起源于淋巴细胞系的恶性血液肿瘤，患者体内的白血病细胞可分布于外周血和骨髓等部位。将患者来源的白血病细胞移植到免疫缺陷小鼠体内形成异种移植瘤，是研究白血病生物学行为和评估治疗反应的常用实验手段。然而，异种移植过程中肿瘤细胞经历物种与微环境的改变，其基因表达特征是否忠实反映原始患者样本，是需要回答的问题。该数据集正是围绕这一比较需求而设计，通过配对比较人源白血病细胞与相应小鼠异种移植瘤的转录组，为理解异种移植模型的代表性提供数据基础。

【数据内容】

数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据主体为基因表达相关的转录组测量结果。整体设计为 6 对样本的配对比较，每一对由同一例患者来源的白血病细胞样本与由其生成的小鼠异种移植瘤样本组成。源站描述指出，白血病细胞可来自外周血或骨髓两种来源，研究对这两种样本来源也进行了比较。因此，数据集同时承载两层比较结构：人源白血病细胞与异种移植瘤之间的比较，以及外周血来源与骨髓来源之间的比较。除上述样本配对与比较设计外，源站未提供具体的基因数量、测序平台、表达矩阵规模等细节。

【采集与来源】

样本采集自 6 例急性淋巴细胞白血病患者，白血病细胞来源于外周血或骨髓。这些细胞被用于生成小鼠异种移植瘤，随后对原始人源白血病细胞与相应异种移植瘤进行表达谱比较。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集编号为 PRJNA116709。关于患者的具体临床特征、样本处理流程、移植小鼠品系与移植方法等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于以下研究方向：评估小鼠异种移植瘤在多大程度上保留原代急性淋巴细胞白血病的基因表达特征；比较外周血来源与骨髓来源白血病细胞在移植前后的表达差异；为以异种移植模型开展的白血病药物研发与机制研究提供表达层面的参照；以及作为白血病转录组分析中配对样本设计的示例数据。由于数据涉及人源与小鼠异种移植的配对比较，也可用于讨论物种混合样本分析中的样本归属与配对统计问题。

【使用方法】

使用时应充分利用其配对设计：将同一患者的原代白血病样本与对应异种移植瘤样本作为一对进行分析，采用配对比较策略控制个体间差异。若关注移植前后表达变化，可计算配对样本间的差异表达；若关注样本来源的影响，可在外周血与骨髓来源之间进行分层比较。分析前需确认样本配对关系与分组标签，避免将不同患者的样本错误配对。关于具体的文件格式、数据处理流程与标准化方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的样本量较小，仅包含 6 例患者的 6 对配对样本，统计效力有限，结论外推需谨慎。样本来源在外周血与骨髓之间不统一，可能引入来源相关的表达差异，分析时应加以考虑。异种移植瘤涉及小鼠体内环境，人源细胞与小鼠宿主成分的区分依赖于实验与数据处理方案，源站未提供相关细节。此外，患者临床信息、测序深度、数据质控指标等均未在源站描述中给出，使用前应查阅原始记录以评估数据适用性。

【引用与许可】

数据集来源于 NCBI，编号为 PRJNA116709。关于该数据集的引用方式、发表文献、使用许可与数据访问限制，源站未提供。