PMA处理后人类红白血病细胞时间依赖性基因表达数据
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 111039），收录人类红白血病细胞在 PMA 处理后随时间变化的基因表达数据，属于转录组或基因表达主题
基本信息
资源简介
PMA处理后人类红白血病细胞时间依赖性基因表达数据
该数据集为 NCBI BioProject 收录的人类红白血病细胞基因表达数据，项目编号 111039，英文名称为 PRJNA111039: Gene expression data from human erythroleukemic cells in a time dependent manner after PMA treatment。从名称可以看出，该数据集关注的是人类红白血病细胞在 PMA 处理之后，基因表达随时间推移所发生的变化。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明数据属于转录组或基因表达范畴。本站将其归类为肿瘤 / 白血病方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体来看，该数据集提供了一个研究红白血病细胞在特定刺激条件下转录水平动态变化的资源入口，适合对白血病细胞分化、基因表达调控以及相关转录组分析感兴趣的研究人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕某一项研究计划或计划集合而组织的生物数据集合，通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录的作用，是为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。因此，PRJNA111039 这一记录本身并不只是一份孤立的表达矩阵，而是一个指向相关研究计划及其关联数据的索引性条目。其研究对象为人类红白血病细胞，处理条件为 PMA，观察角度为处理后随时间变化的基因表达。红白血病属于白血病相关研究领域，本站将其归入肿瘤 / 白血病分类，这也与数据集名称中的人类红白血病细胞背景一致。主题标签明确指向转录组或基因表达，说明该项目的核心数据类型围绕 RNA 层面的表达信息展开。
【数据内容】
依据现有信息，该数据集的核心内容是“人类红白血病细胞在 PMA 处理后随时间变化的基因表达数据”。这意味着数据在生物学维度上涉及人类红白血病细胞，在实验维度上涉及 PMA 处理，在时间维度上强调处理后不同时间点的表达变化，在数据类型上属于转录组或基因表达数据。由于该记录来自 BioProject，其数据可能以项目形式关联多种数据类型，但具体包含哪些样本、时间点、表达定量结果或原始测序文件，源站未提供。该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，进一步确认其数据内容围绕基因表达展开。对于希望研究 PMA 刺激后红白血病细胞转录动态的用户而言，这一项目记录可以作为查找相关数据的起点。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 111039) - BioProject - NCBI”。这表明该记录属于 NCBI BioProject 数据库中的人类数据条目，项目编号为 111039。数据集英文名称中已说明其研究对象为人类红白血病细胞，处理方式为 PMA，观察方式为时间依赖的基因表达。关于具体的采集方法、实验平台、样本处理流程、测序或芯片平台、时间点设置、重复数量等信息，源站未提供。因此，在采集与来源方面，可以确认的是其来自 NCBI BioProject，且与人类红白血病细胞及 PMA 处理后的基因表达相关，但更细的实验来源信息无法从现有内容中得出。
【适用场景】
该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是围绕人类红白血病细胞在 PMA 处理后随时间变化的表达分析。潜在使用方向包括：研究红白血病细胞在刺激条件下的基因表达动态、比较不同时间点的转录变化、探索与白血病相关的表达调控机制，以及作为转录组数据分析和方法验证的参考入口。由于本站分类为肿瘤 / 白血病，该数据也可用于白血病相关肿瘤研究背景下的数据检索与整合。需要强调的是，这些适用方向是基于数据集名称、主题标签和分类信息所进行的合理说明，并不代表源站已提供具体的分析结论或应用案例。
【使用方法】
该数据集来自 NCBI BioProject，用户可通过 BioProject 记录查找与该计划相关的数据链接。BioProject 的设计目的正是为用户提供一个统一位置，以便找到同一项目产生的多种数据类型。因此，使用该数据集时，建议先访问 NCBI BioProject 中编号 111039 的记录，再根据该记录所提供的关联信息定位具体的基因表达数据文件或相关资源。关于下载方式、文件格式、分析流程、软件工具和参数设置，源站未提供。用户如需进一步使用，应依据 NCBI BioProject 页面上的实际链接和说明进行操作。
【质量与限制】
该数据集的质量信息、样本数量、时间点覆盖范围、测序深度、平台信息、数据完整性、批次效应、归一化方法等，源站未提供。因此，无法对数据质量作出具体判断。已知限制包括：该记录为 BioProject 层面的描述，主要提供项目入口和主题标签，而非完整的实验方法或分析结果；其具体数据内容、样本设计和处理细节均未在现有信息中说明。使用者在引用或分析前，应自行查阅源站记录及其关联数据，以确认数据是否满足研究需求。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用限制和授权条件，源站未提供。用户在使用该数据集或相关数据时，应访问 NCBI BioProject 记录页面，查看源站是否给出引用要求、数据使用政策或授权说明。由于现有信息未包含许可条款，无法确认该数据是否可以自由使用、再分发或用于商业目的。建议在正式引用或发表相关研究前，依据 NCBI 及 BioProject 的官方说明进行确认。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA111039
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
巨核细胞分化的分子调控机制尚不明确。我们利用可部分重现该过程的人髓系白血病细胞系K562，在佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯（PMA）刺激下，采用Illumina HumanRef-8 Expression Beadchip进行基于微阵列的基因表达谱分析，以鉴定在巨核细胞生成中发挥重要作用的基因。我们在8个时间点获取了时间过程微阵列数据。Illumina HumanRef-8 Expression Beadchip每张芯片包含约超过24,000个转录本。每个时间点均进行重复实验。在此，我们报告了两次独立实验的原始数据。微阵列数据分析后，通过筛选具有显著检测p值的基因，从总共23,920个探针中得到约14,000个探针。使用平均表达值对8个时间点的每个数据集进行分位数归一化。采用K均值聚类方法（k=12）根据特征性时间模式对这些探针进行分类。我们筛选了以时间依赖性方式显示倍数变化的转录因子，以研究与巨核细胞生成相关的基因。
最后，我们可以提出，属于AP1转录因子Fos家族的FosB与巨核细胞生成有关。总体设计：人慢性髓系白血病细胞系K562购自美国典型培养物保藏中心，并在含10%热灭活胎牛血清（Hyclone）、100单位/毫升青霉素和100微克/毫升链霉素的RPMI培养基中，于37摄氏度、5% CO2的湿润气氛下培养。通过将3×10^5个K562细胞在六孔板中培养于含20 nM PMA（溶于二甲基亚砜DMSO）的培养基中0、0.5、1、3、6、12、24和48小时，诱导其向巨核细胞谱系分化。对照培养物以相同方式用溶剂DMSO处理。使用RNeasy Mini提取试剂盒（Qiagen，希尔登，德国）从两次独立实验中提取总RNA。生物素化的cRNA被
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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