基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA108981：改善慢性淋巴细胞白血病预后与预测治疗反应的基因组学方法（Mayo_Ohio）

PRJNA108981: A Genomic Approach to Improve Prognosis and Predict Therapeutic Response in Chronic Lymphocytic Leukemia (Mayo_Ohio) 是一个围绕慢性淋巴细胞白血病（Chronic Lymphocytic Leukemia, CLL）的基因组学研究项目数据集。该数据集以人类（Homo sapiens）样本为研究对象，项目编号为 108981，收录于 NCBI 的 BioProject 数据库。其核心目标是通过基因组学方法改善慢性淋巴细胞白血病的预后评估，并预测患者对治疗的反应。数据集在分类上归属于肿瘤与白血病领域，主题标签为转录组或基因表达，适合用于转录组学、基因表达分析以及预后与治疗反应预测等相关研究。整体而言，该数据集为慢性淋巴细胞白血病的分子机制探索和临床转化研究提供了可访问的组学数据资源。

【数据集背景】

慢性淋巴细胞白血病是一种常见的血液系统恶性肿瘤，其临床病程具有高度异质性，不同患者的预后和治疗反应差异显著。因此，寻找可靠的分子标志物以改善预后分层、预测治疗反应，是该领域的重要研究方向。该数据集正是基于这一需求而设立，采用基因组学方法，旨在从转录组或基因表达层面挖掘与预后及治疗反应相关的信息。项目名称中明确包含“A Genomic Approach to Improve Prognosis and Predict Therapeutic Response”，表明其研究定位聚焦于预后改善与治疗反应预测两大目标。该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，属于该数据库中与单一研究计划相关的生物数据集合。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容主要涉及转录组或基因表达层面。这意味着数据可能包含基因表达谱、转录本丰度等类型的组学信息，可用于分析慢性淋巴细胞白血病样本中的基因表达模式。数据集围绕慢性淋巴细胞白血病展开，研究目标包括改善预后和预测治疗反应，因此其数据内容应服务于这两类分析需求。关于具体的样本数量、基因数量、测序平台、表达矩阵格式等详细内容，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，收录于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 108981，物种为 Homo sapiens。BioProject 是 NCBI 提供的一种生物数据集合，用于汇集与单一研究计划相关的多种数据类型，这些数据可能来自单一组织或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个统一的入口，以便查找该项目所产生的各类数据。该数据集的具体采集地点、样本收集时间、伦理审批信息、测序中心等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和研究目标，该数据集适用于转录组或基因表达相关研究，尤其适合用于慢性淋巴细胞白血病的预后评估与治疗反应预测等分析。研究人员可以利用该数据集探索基因表达与疾病预后之间的关联，或寻找能够预测治疗反应的表达特征。此外，该数据集也可用于肿瘤与白血病领域的分子机制研究、生物标志物发现以及组学数据的二次分析。由于数据涉及人类样本，其适用场景还应遵循相关伦理和数据使用规范。关于该数据集是否适用于其他特定疾病或非慢性淋巴细胞白血病的研究，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI 的 BioProject 数据库进行访问，项目编号为 108981。用户可以在 BioProject 记录中查找与该研究计划相关的各类数据链接。由于 BioProject 记录本身是一个数据集合的入口，具体的数据下载方式、文件格式、分析工具和流程等，需依据该项目所链接的具体数据资源而定。关于该数据集是否提供预处理数据、原始数据或分析脚本，以及是否有配套的使用文档，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，属于公开的生物数据资源。其主题标签明确为转录组或基因表达，研究目标聚焦于慢性淋巴细胞白血病的预后与治疗反应预测。然而，关于该数据集的具体样本量、数据完整性、测序深度、质量控制指标、批次效应处理情况以及验证程度等信息，源站未提供。因此，在使用该数据集时，用户应结合项目记录中链接的原始数据资源，自行评估数据质量与适用性。此外，该数据集涉及人类样本，使用时应遵守相关的数据隐私和伦理规定。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，收录于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 108981。关于该数据集的具体引用方式、许可协议、使用条款以及是否需要获得额外授权等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录中提供的引用指南和许可说明，并遵循相关法律法规和学术规范。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE10137

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA108981

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性淋巴细胞白血病（CLL）是一种异质性恶性肿瘤，其临床病程多变。尽管临床和实验室参数越来越多地被用于细化预后判断，但它们并不能准确预测对常用治疗的反应。我们采用基因表达谱分析来生成并进一步优化预后和预测标志物。利用癌细胞系和患者白血病样本，我们构建了反映疾病进展及对化疗或化学免疫治疗反应的基因组特征。我们使用来自四个独立队列、共计301例CLL患者的独立临床数据验证了这些特征。结合临床参数，由患者白血病细胞基因表达数据生成的预后基因组特征能够在训练数据集中从统计学上区分病情稳定或进展的患者。随后，该进展特征在两个独立数据集中得到验证，显示出能够准确识别有疾病进展风险患者的能力。

此外，还生成了两种不同的基因组特征，分别预测对苯丁酸氮芥或喷司他丁、环磷酰胺和利妥昔单抗的反应，并显示能准确区分反应性和非反应性CLL患者。对CLL患者淋巴细胞的微阵列分析可用于细化预后并预测对不同疗法的反应。这些结果对CLL患者的标准治疗和研究性治疗具有直接意义。关键词：两种表型状态（反应者与进展者）的基因表达谱分析。总体设计：为了预测对喷司他丁、环磷酰胺和利妥昔单抗反应的基因组特征，训练集使用了20份CLL白血病样本，验证集使用了20份CLL白血病样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别