PRJNA106543：急性淋巴细胞白血病中糖皮质激素调控的microRNA与mirtrons

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA106543

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

糖皮质激素（GC）对淋巴系正常细胞和恶性细胞的生物学具有重大影响。这包括诱导细胞凋亡，该效应被用于急性淋巴细胞白血病（ALL）及相关淋巴恶性肿瘤的治疗。微小RNA（miRNA）及相关的mirtrons是约22个核苷酸的RNA分子，参与调控包括增殖、分化和凋亡在内的基本生物学功能。它们源自聚合酶II转录本，但GC是否调控编码miRNA的转录单元尚不清楚。我们采用表达谱分析技术、实时RT-PCR和Northern印迹相结合的方法，检测成熟miRNA和/或其前体，研究了8个体外ALL模型和13名接受系统性GC单药治疗的ALL患儿中miRNA/mirtron的表达及GC调控情况。我们鉴定出若干受GC调控的miRNA/mirtron，包括髓系特异性miR-223以及诱导凋亡和细胞周期停滞的mir15~16簇。因此，在GC治疗过程中观察到的miRNA/mirtron表达的复杂变化，可能以细胞背景依赖的方式对抗白血病GC效应有所贡献。

关键词：治疗反应 总体设计：对糖皮质激素敏感的T-ALL细胞系CCRF-CEM-C7H2在3次独立实验中分别用100nM地塞米松（一种糖皮质激素）或0.1%乙醇作为空载体对照进行处理。在不同时间点（6小时和24小时）取样，提取RNA并杂交到Affymetrix HGU133-plus2微阵列上。微阵列数据集被取子集至靶向潜在初级microRNA转录本（pri-miRNA）的探针集。针对6小时GC与6小时EtOH（对照）以及24小时GC与24小时EtOH（对照）样本的比较，鉴定出差异表达的pri-miRNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。