COG 9906 高危儿童急性淋巴细胞白血病研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA105689

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数据说明

论文1：“通过无监督微阵列分析鉴定高危儿童前体B急性淋巴细胞白血病（B-ALL）的新亚组：临床相关性与治疗意义。一项儿童肿瘤学组（COG）研究。”摘要 我们检测了来自COG P9906研究中207例患者治疗前标本的基因表达谱，以识别高危儿童B前体急性淋巴细胞白血病（ALL）的特征，并确定由此产生的聚类是否与特定临床特征或治疗反应特征相关。采用四种无监督聚类方法将患者分为相似组。不同聚类算法在聚类成员上显示出显著重叠。两个聚类包含所有具有t(1;19)(q23;p13)易位或MLL重排的病例。其他六个聚类是新颖的，没有复发性染色体异常或独特的临床特征。与总体4年无复发生存率（RFS）61%相比，其中两个新聚类成员具有显著的生存差异。

这些包括4年无复发生存率显著较好（94.7%）或较差（21.0%）的患者聚类。西班牙裔/拉丁裔儿童在不良结局聚类中所占比例过高。不良结局聚类代表了一种新的生物学上独特的B前体急性淋巴细胞白血病亚群，其发生率可能至少与BCR/ABL相当。对该聚类的进一步分子特征分析可能有助于发现可用于靶向治疗的基因组异常，从而改善目前该基因特征儿童患者极差的预后。样本数据还用于另一项研究：论文2：“用于微小残留病和无复发生存率的基因表达分类器改善高危急性淋巴细胞白血病儿童患者的预后预测和风险分类。一项儿童肿瘤学组研究”。摘要 背景

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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