基本信息

模态

时间序列

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA102557：胚胎干细胞分化 LIF 与无 LIF 对比

PRJNA102557: Embryonic Stem Cell Differentiation LIF vs no LIF 是一个来自 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）的转录组或基因表达数据集，在本站归入肿瘤 / 白血病分类。该数据集记录的是小鼠胚胎干细胞在分化过程中的基因表达变化，采用时间序列设计，覆盖 17 天的分化过程，共包含 14 个时间点，样本以 24 小时间隔采集。数据集的核心比较在于添加与去除白血病抑制因子（LIF）两种条件下的基因表达差异，用以观察 LIF 去除对胚胎干细胞分化进程的影响。整体而言，该数据集为研究胚胎干细胞多能性维持与分化启动的分子路径提供了以时间分辨为特征的表达谱资源。

【数据集背景】

胚胎干细胞的多能性使其成为面向治疗目的、通过定向分化产生组织的理想对象。然而，尽管已知胚胎干细胞具有巨大的分化能力，人们对其分化过程中所经历的分子路径仍缺乏完整理解。此外，去除白血病抑制因子对胚胎干细胞分化究竟有多重要，以及胚胎干细胞的分化路径与正常发育中组织所作分子决策之间存在怎样的关系，这些问题都尚不清楚。该数据集背后的研究动机正是加深对这种关系及其潜在局限的认识，因此选择了以时间序列方式追踪小鼠胚胎干细胞在添加与去除 LIF 条件下的分化过程。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，属于基因表达类数据。其内容为小鼠胚胎干细胞分化时间序列，覆盖 17 天的分化过程，共设 14 个时间点，样本按 24 小时间隔采集。数据集围绕添加 LIF 与去除 LIF 两种条件展开比较，通过不同时间点的样本采集反映分化过程中基因表达的变化轨迹。数据所关注的核心问题是 LIF 去除对胚胎干细胞分化的重要性，以及分化过程中分子路径的演进。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为 PRJNA102557: Embryonic Stem Cell Differentiation LIF vs no LIF。源站描述说明其为小鼠胚胎干细胞分化时间序列，包含 14 个时间点、跨越 17 天分化过程，样本以 24 小时间隔收获。关于具体的测序平台、样本处理细节、数据量大小等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究胚胎干细胞多能性维持与分化启动的分子机制，尤其是白血病抑制因子（LIF）在维持未分化状态与分化启动之间所起作用的问题。由于采用 17 天、14 个时间点、24 小时间隔的时间序列设计，可用于分析分化过程中基因表达的时序变化模式，比较添加与去除 LIF 两种条件下的表达差异。此外，该数据集也可用于探讨胚胎干细胞分化路径与正常发育过程中组织分子决策之间的关系。本站将其归入肿瘤 / 白血病分类，提示其在该分类语境下具有参考价值。

【使用方法】

该数据集为基因表达时间序列数据，使用时可按照时间点与 LIF 条件对样本进行分组，比较同一时间点两种条件下的表达差异，以及同一条件下不同时间点之间的表达变化趋势。由于样本以 24 小时间隔采集、共 14 个时间点，适合进行时间分辨的表达模式分析。关于具体的文件格式、下载方式与分析流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为小鼠胚胎干细胞来源，其结论向其他物种或体内发育情境的外推需谨慎。源站描述中明确指出，胚胎干细胞分化路径与正常发育组织分子决策之间的关系尚不清楚，该数据集的研究动机之一即在于探索这种关系及其潜在局限。关于样本重复数、测序深度、数据质控指标等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为 PRJNA102557: Embryonic Stem Cell Differentiation LIF vs no LIF。关于具体的引用文献、作者信息与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE9048

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA102557

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

描述：胚胎干细胞的多能性使其成为旨在生产治疗用组织的分化策略中一个有吸引力的靶点。然而，尽管我们知道胚胎干细胞具有巨大的分化能力，但我们尚未完全理解这些细胞在分化过程中所经历的分子路径。此外，去除白血病抑制因子对胚胎干细胞分化的重要性尚不清楚。而且，胚胎干细胞的分化路径与正常发育中组织所做的分子决策之间的关系也尚不明确。本工作的动机是增进我们对这种关系及其潜在局限性的理解。数据集是一个小鼠胚胎干细胞分化时间过程，包含跨越17天分化的14个时间点。样本在分化的第0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、11、13、15和17天以24小时间隔收集。该系列中每个样本有两个重复。此外，还有14个标识相同的分化样本，其中生长在含有LIF的胚胎干细胞培养基中进行。采用了通用参考设计。

作为时间序列一部分而相互关联的检测组。基于化合物的处理：使用LIF进行处理或未处理。经过时间：在第0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、11、13、15和17天以24小时间隔采集样本。关键词：time_series_design。总体设计：使用回归相关性

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别