PRJNA1017517：B细胞发育与B细胞急性淋巴细胞白血病中的3D染色质重塑 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1017517

标准获取流程：

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数据说明

B细胞祖细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）分子亚群的鉴定已被证明是理解ALL起源的有力工具，同时也提供了重要的预后信息。多项研究还显示了表观遗传景观的变化，包括不同B-ALL亚型之间的差异。然而，不同亚型之间三维基因组的状态及其与健康B细胞祖细胞的比较仍未被探索。在此，我们使用Hi-C和RNA-seq对来自健康供者的早期B细胞祖细胞以及若干携带最常见和最具预后意义的结构变异的B-ALL样本（包括KMT2A::AFF1和BCR::ABL）进行了分析。我们发现B-ALL在三维基因组组织中发生亚型特异性变化，这些变化指示了疾病的分化阶段。进一步分析显示，与正常祖细胞相比，B-ALL获得了异常的染色质构型和致癌驱动基因的表达。我们还发现转录因子ERG在ETV6::RUNX1 B-ALL中被异常激活，并有助于分化阻滞的建立。

总体而言，我们研究的结果显示了染色质折叠改变对B-ALL白血病发生状态的影响。总体设计：为了描绘白血病出现过程中的三维染色质重塑以及不同B-ALL亚型之间的差异，我们对原发性B-ALL患者样本和健康分选的B细胞祖细胞进行了Hi-C、RNA测序和ATAC测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。