PRJNA100235：高危儿童急性淋巴细胞白血病早期反应与结局的儿童肿瘤组研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA100235

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）的治愈率已显著提高，部分原因是治疗常规根据预测的复发风险进行个体化调整。目前的风险分层方案使用了多种临床和实验室变量，但许多治疗失败的儿童在初诊时缺乏不良预后因素。通过基因表达分析，我们在一个美国国家癌症研究所（NCI）高危儿童B前体ALL队列的诊断样本中，识别出可能与早期原始细胞消退相关的基因和通路，并与第7天骨髓状态相关联。我们还识别出一个47个探针集的基因特征（代表41个独特基因），该特征在我们的数据集以及三个大型独立的不同治疗方案儿童ALL数据集中均能预测长期结局。关键词：有序，病例对照。总体设计：分析了99名接受COG 1961方案治疗的NCI高危B前体ALL儿童的诊断期骨髓样本。为研究与早期治疗反应相关的基因图谱，对99名患者中的82名进行了分析：42名治疗第7天骨髓为M1的患者与40名第7天骨髓为M3的患者进行了比较。

为研究与长期预后相关的基因，对59例（总99例中）患者的表达谱进行了分析：28例至少4年保持持续完全缓解（CCR）的患者，以及31例在初诊后头3年内发生骨髓复发的患者。其中42例患者同时纳入早期反应和预后分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。