单个人类细胞重编程过程中基因激活与染色质重塑动态解析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A5a4a51012814f9dc891ebddcc1cf21f764e03197d420b25fc9e5ed40e9da9a58

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在细胞命运转变过程中，细胞会重塑其转录组、染色质和表观基因组；然而，在单细胞水平上确定这些变化之间的时间动态和因果关系一直很困难。在此，我们采用异核体介导的重编程系统作为单细胞模型，利用超分辨率成像剖析多能性转化早期阶段的关键时间事件。我们发现，异核体形成后，体细胞核经历全局染色质解聚和抑制性组蛋白修饰H3K9me3与H3K27me3的去除，而未获得活性修饰H3K4me3和H3K9ac。多能性基因OCT4（POU5F1）在细胞融合后的前24小时内即表现出新生RNA和成熟RNA转录，且无需其基因座初始具有开放染色质构型。相反，NANOG仅在细胞融合后48小时才有显著的新生RNA转录，但引人注目的是，其表现出基因组重新开放……该数据集包含与STORM、OligoSTORM和smRNA-FISH数据相关的定量结果。

细胞系与培养条件 原代人BJ成纤维细胞（ATCC）常规以5x10³个细胞/cm²的密度接种，并维持于含10%胎牛血清（Cytiva）、1X青霉素/链霉素（Gibco）和1X丙酮酸钠（Gibco）的DMEM 1X（Gibco）培养基中。培养液每隔一天更换一次。细胞每三至四天传代一次（直至达到80-90%融合度），使用0.05%胰蛋白酶-EDTA（Gibco）消化。Tcf3-/-小鼠胚胎干细胞（mESCs）1，第25-28代，以15-20x10⁴个细胞/cm²的接种密度铺板，并培养于KnockOut™ DMEM，1X（Gibco）中，该培养基含有15%胎牛血清（Cytiva）、1X青霉素/链霉素（Gibco）、1X丙酮酸钠（Gibco）、1X GlutaMAX（Gibco）、1X MEM氨基酸（Gibco）、50 µM 2-巯基乙醇（Gibco）以及10⁶单位/ml的LIF（白血病抑制因子，EMD Millipore）。培养液每天更换，细胞传代

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。