BLUEPRINT 2016年9月骨髓急性淋巴细胞白血病ChIPmentation数据(GRCh38)

数据可用于研究急性淋巴细胞白血病中染色质修饰与表观遗传调控,支持基因组比对与峰识别等分析,为白血病表观基因组研究提供基础资源(来源 EGA)

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BLUEPRINT September 2016, ChIPmentation Acute Lymphocytic Leukemia from bone marrow, on Genome GRCh38

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

BLUEPRINT 2016年9月骨髓急性淋巴细胞白血病ChIPmentation数据(GRCh38)

BLUEPRINT September 2016 数据集中的这一部分,收录了来源于骨髓的急性淋巴细胞白血病样本的 ChIPmentation 数据,参考基因组为 GRCh38。该数据集归属于肿瘤/白血病分类,原始数据发布在 ega-archive.org。根据源站描述,该数据集包含 1 个样本的 ChIPmentation 数据,共 2 个 run、2 个 experiment 和 2 个 alignment,是 BLUEPRINT(2016 年 9 月)项目的一部分。整体而言,这批数据面向急性淋巴细胞白血病的表观遗传学研究,可用于染色质修饰相关的基因组比对与峰识别等分析,为探索白血病发生发展中的表观遗传调控机制提供基础资源。

【数据集背景】

该数据集是 BLUEPRINT(September 2016)项目的组成部分。BLUEPRINT 项目在此以 2016 年 9 月版本的形式呈现,本部分聚焦于急性淋巴细胞白血病(Acute Lymphocytic Leukemia)这一疾病背景,样本来源于骨髓。数据采用 ChIPmentation 技术路线,并以 Genome GRCh38 作为参考基因组进行比对与后续处理。数据集在本站归入肿瘤/白血病分类,原始发布站点为 ega-archive.org。

【数据内容】

依据源站描述,该数据集包含 1 个样本的 ChIPmentation 数据,对应 2 个 run、2 个 experiment 和 2 个 alignment。数据以 Genome GRCh38 为参考基因组。ChIPmentation 结合了染色质免疫沉淀与转座酶介导的文库构建策略,通常用于在基因组范围内定位特定染色质修饰或蛋白结合位点;就本数据集而言,其具体靶向的染色质修饰类型、抗体信息及样本的临床特征等细节,源站未提供。主题标签方面,源站未提供相应内容。

【采集与来源】

该数据来源于骨髓样本,疾病类型为急性淋巴细胞白血病,数据发布站点为 ega-archive.org,并作为 BLUEPRINT(September 2016)的一部分对外提供。关于样本采集的具体机构、伦理审批信息、供者数量与临床背景等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究急性淋巴细胞白血病中染色质修饰与表观遗传调控,支持基因组比对与峰识别等分析,为白血病表观基因组研究提供基础资源。具体而言,研究者可基于其 alignment 结果开展峰识别、染色质修饰区域定位以及与其他表观基因组数据的比较分析等。由于仅涉及 1 个样本,该数据更适合作为方法验证、流程测试或特定样本的探索性分析资源;关于更广泛的队列比较或差异分析适用性,源站未提供。

【使用方法】

使用该数据时,应以 Genome GRCh38 作为参考基因组,并依据源站提供的 2 个 alignment 结果开展后续分析,如峰识别与染色质修饰区域注释等。关于数据的具体文件格式、下载方式、处理流程参数及分析工具建议,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个样本,样本量有限,相关结论的外推需谨慎。数据包含 2 个 run、2 个 experiment 和 2 个 alignment,但关于测序深度、数据质量评估指标、重复性及批次信息等,源站未提供。主题标签亦未提供,可能影响数据的检索与归类。

【引用与许可】

该数据发布在 ega-archive.org,使用时应遵循该站点的数据访问与使用规定。关于具体的引用文献、项目编号、数据访问权限及许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001002930

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

BLUEPRINT September 2016, ChIPmentation Acute Lymphocytic Leukemia from bone marrow, on Genome GRCh38 [Dataset]. https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001002930

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