BLUEPRINT 2016年8月发布:急性淋巴细胞白血病 ChIP-Seq(GRCh38 基因组)

源站描述显示其包含 15 个样本、79 次运行、78 个实验和 78 个分析,并提供了分析文档链接。数据可用于研究急性淋巴细胞白血病中蛋白质-DNA 相互作用及表观遗传调控特征,支持白血病相关的分类或比较分析(来源 EGA)

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基因组分类None
BLUEPRINT release August 2016, ChIP-Seq for Acute Lymphocytic Leukemia, on genome GRCh38

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

BLUEPRINT 2016年8月发布:急性淋巴细胞白血病 ChIP-Seq(GRCh38 基因组)

BLUEPRINT release August 2016 中的急性淋巴细胞白血病 ChIP-Seq 数据集,基于人类基因组 GRCh38 构建,来源于 ega-archive.org。该数据集聚焦肿瘤领域的白血病方向,收录了 15 个急性淋巴细胞白血病样本的 ChIP-Seq 数据,共包含 79 次运行、78 个实验和 78 个分析。作为 BLUEPRINT 项目 2016 年 8 月发布内容的组成部分,该数据集为研究急性淋巴细胞白血病中蛋白质-DNA 相互作用及表观遗传调控特征提供了原始数据基础,可用于白血病相关的分类或比较分析。

【数据集背景】

该数据集属于 BLUEPRINT 项目 2016 年 8 月发布版本的一部分,专注于急性淋巴细胞白血病(Acute Lymphocytic Leukemia)的 ChIP-Seq 数据。BLUEPRINT 是一个面向血液细胞表观基因组研究的项目,本数据集是其白血病相关数据的一个子集,采用人类基因组 GRCh38 作为参考基因组。数据托管于欧洲基因组档案库(ega-archive.org),在分类上归入肿瘤 / 白血病方向。

【数据内容】

数据集包含 15 个急性淋巴细胞白血病样本的 ChIP-Seq 数据,对应 79 次运行(run)、78 个实验(experiment)和 78 个分析(analysis)。ChIP-Seq 技术用于捕获蛋白质与 DNA 的结合位置,因此这些数据可用于刻画急性淋巴细胞白血病样本中的蛋白质-DNA 相互作用图谱。除上述样本数、运行数、实验数和分析数外,源站未提供更细化的数据内容说明。

【采集与来源】

数据来源站为 ega-archive.org。源站描述指出,该数据集是 BLUEPRINT release August 2016 的组成部分,参考基因组为 GRCh38。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批及处理流程,源站未提供。

【适用场景】

依据源站描述,该数据可用于研究急性淋巴细胞白血病中的蛋白质-DNA 相互作用及表观遗传调控特征,并支持白血病相关的分类或比较分析。由于数据以 ChIP-Seq 形式呈现,适合用于考察转录因子或组蛋白修饰在白血病样本基因组上的结合分布,并可在多样本之间开展比较。其他具体应用场景源站未提供。

【使用方法】

源站提供了分析文档,位于 http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/blueprint/releases/20160816/homo_sapiens/README_chipseq_analysis_ebi_20160816,用户可据此了解分析流程与数据处理方式。数据需以 GRCh38 作为参考基因组进行比对与解释。关于数据下载方式、文件格式及具体分析步骤,源站未提供更多说明。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息。已知的限制包括:样本量为 15 个急性淋巴细胞白血病样本,数据规模相对有限;数据集仅覆盖 ChIP-Seq 一种实验类型;主题标签为空,未提供额外的分类标注。其他质量与限制信息源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用时应遵循 ega-archive.org 的相关数据访问与使用规定,具体条款源站未提供。

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源站:https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001002421

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

(2016). BLUEPRINT release August 2016, ChIP-Seq for Acute Lymphocytic Leukemia, on genome GRCh38 [Dataset]. https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001002421

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