PXD000335：VHL肾癌——不同HIF-2α表达的肾细胞癌信号网络调控蛋白质组分析

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000335

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

von Hippel-Lindau（VHL）蛋白功能的丧失会导致高度血管化的肾肿瘤，其特征为侵袭性的病程以及对化疗和放疗的抵抗。肾肿瘤中VHL的缺失与其他器官肿瘤的不同之处还在于，其致癌级联反应是由缺氧诱导因子-2α（HIF2α）水平的升高介导的，而非缺氧诱导因子-1α（HIF1α）。通过LTQ-FT采用数据依赖型采集产生的MS/MS数据，使用BioWorks 3.3版提取，并使用Mascot 2.2版（Matrix Science，Boston，MA）搜索算法，在包含正向和随机序列的复合IPI人类蛋白质序列数据库（IPI_human_v 3.73.par）中进行搜索。Mascot搜索时，片段离子质量容差为0.80 Da，母离子容差为15.0 ppm，假设胰蛋白酶为消化酶，并允许有一个漏切位点。

半胱氨酸的氨甲酰甲基化被指定为固定修饰，而甲硫氨酸的氧化、N端蛋白质乙酰化、N端肽段及赖氨酸的氨甲酰化，以及丝氨酸和苏氨酸的磷酸化则被指定为可变修饰。对VHL野生型（Caki-2）人肾细胞癌和VHL突变型（786-O）细胞的分析，分别来自每种细胞系的三个独立生物学样本（Caki-2和786-O的胰蛋白酶消化产物），并且每个样本进行了两次进样。数据处理通过两种软件工具完成：Scaffold（版本Scaffold 3.0，Proteome Software Inc.，波特兰，俄勒冈州）和Progenesis LC-MS（版本3.0，Nonlinear Dynamics，达勒姆，北卡罗来纳州）。Scaffold用于验证来自Mascot数据库搜索的基于MS/MS的肽段和蛋白质鉴定结果。如果初步肽段鉴定能够按照Peptide Prophet算法[20]的规定，以大于95%的概率建立，则被接受。蛋白质概率由Protein Prophet算法赋予。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。