PRJNA526022：MCP-1处理的人肾癌CRL-1932细胞系表达数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA526022

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

微阵列分析显示，MCP-1处理改变了RCC CRL1932细胞中的蛋白质折叠过程。在MCP-1处理下，CRL1932细胞和异种移植瘤表达了MCP-1诱导蛋白（MCPIP），据报道该蛋白可在人心肌细胞中引起内质网（ER）应激诱导的凋亡。与MCPIP诱导一致，ER应激介质（如GRP78、PERK、IRE1α和PDI）以及参与ER应激诱导凋亡的分子（CHOP、钙联蛋白和Ero1α）在MCP-1处理的RCC细胞系和异种移植瘤中表达，而在未处理的对照中缺失或下调。TUNEL实验证实了MCP-1处理的CRL1932细胞发生凋亡。在HEK293细胞中异位表达的MCPIP导致凋亡。荟萃分析显示，低水平MCP-1与RCC肾切除术后较低的一年生存率相关。在本数据集中，我们纳入了人肾癌CRL-1932细胞系在有或无MCP-1处理条件下的表达芯片数据。这些数据用于获取MCP-1处理的CRL-1932细胞中上调的基因。总体设计：共分析了4个样本。

我们使用Affymetrix Expression Console™软件（版本1.4）进行了以下成对比较：CRL 1932与MCP-1-CRL1932的比较。筛选出P值<0.05且倍数变化≥1.5的基因。为了识别MCP-1的潜在表观遗传靶点，我们对MCP-1处理后上调的基因进行了维恩图分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。