肾细胞癌单细胞基因表达谱

该数据集为 NCBI BioProject 收录的肾细胞癌单细胞基因表达谱项目,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,本站归类为肿瘤 / 肾癌

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1455663: Single cell gene expression profiling of renal cell carcinoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

肾细胞癌单细胞基因表达谱

PRJNA1455663 是 NCBI BioProject 数据库收录的一个生物项目,全称为 Single cell gene expression profiling of renal cell carcinoma,即肾细胞癌单细胞基因表达谱项目。该项目聚焦于肾细胞癌这一肿瘤类型,通过单细胞水平的基因表达检测,获取与转录组或基因表达相关的数据。在本站分类中,它被归入肿瘤 / 肾癌类别,主题标签为 Transcriptome or Gene expression。BioProject 作为生物数据的集合记录,旨在将源自同一组织或联合体的、围绕同一研究计划产生的多种数据类型汇聚于一处,方便用户集中查找和访问。该项目即为这一体系下针对肾细胞癌单细胞基因表达研究的入口记录。

【数据集背景】

肾细胞癌是泌尿系统常见的恶性肿瘤之一,其肿瘤内部异质性较高,不同细胞亚群在基因表达层面可能存在显著差异。单细胞基因表达谱技术能够在单个细胞分辨率上刻画转录组状态,有助于揭示肿瘤微环境中不同细胞类型的组成与功能特征。该项目以肾细胞癌为研究对象,属于肿瘤转录组研究范畴。BioProject 记录本身并不直接等同于某一组原始测序数据,而是作为项目层面的索引,将围绕该研究计划生成的各类生物数据关联在一起,使用户能够从一个统一入口找到该项目所涉及的不同数据类型。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其核心内容与转录组或基因表达相关。项目名称明确指向肾细胞癌的单细胞基因表达谱分析,因此其数据内容应围绕单细胞水平上的基因表达测量展开。本站将其归类为肿瘤 / 肾癌,进一步限定了其疾病领域。关于具体的样本数量、细胞数目、测序平台、基因数量、表达矩阵格式等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 PRJNA1455663。BioProject 是由单一组织或联合体发起、围绕同一研究计划收集生物数据的集合,其记录为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一位置。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、研究者机构等具体来源信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与分类,该数据集可适用于肾细胞癌转录组与基因表达相关的研究场景,例如在单细胞层面探索肿瘤细胞异质性、识别不同细胞亚群的表达特征,或作为肾癌相关转录组分析的参考数据入口。由于 BioProject 记录汇聚了同一项目下的多种数据类型,它也可用于定位和获取该项目关联的各类生物数据。关于该数据集在特定分析流程中的具体适用性,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库,以项目编号 PRJNA1455663 或项目名称进行检索,进入该项目的记录页面,进而查找该项目所关联的各类生物数据。BioProject 记录的设计目的即在于提供单一入口,方便用户发现指向不同数据类型的链接。关于数据下载方式、文件格式、分析工具或处理流程等具体操作信息,源站未提供。

【质量与限制】

该记录为 BioProject 项目层面的索引,其描述强调 BioProject 作为生物数据集合的定位,即汇集与单一研究计划相关的数据并提供统一查找入口。关于该数据集的数据质量指标、测序深度、覆盖度、批次效应、质控结果等具体质量信息,源站未提供。关于该数据集在样本量、人群代表性或技术平台方面的限制,源站亦未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 PRJNA1455663。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或数据共享政策等具体信息,源站未提供。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1455663

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集通过单细胞基因表达分析描绘了肾细胞癌的肿瘤内异质性。生成单细胞转录组图谱以表征恶性和非恶性细胞群体,并促进原发性和转移性疾病状态之间的比较分析。基因表达数据用于推导基因程序,这些程序捕获了肾细胞癌细胞间的转录异质性。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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