MMIST透明细胞肾癌多模态数据集

MMIST-ccRCC 汇集CPTAC和TCGA来源的CT、MRI、病理、基因组和临床数据,用于透明细胞肾癌预后研究。由Instituto Superior Técnico提供,包含多种数据模态,包含618条数据记录,适用于分类任务。

Instituto Superior TécnicoInstituto Superior Técnico
MMIST
2024-01-01 更新
浏览 24
多模态分类ccRCCkidney cancerrenal cell carcinomaCTMRIWSIGenomicsClinicalmulti-modal
MMIST-ccRCC

基本信息

模态
多模态
数据量
618
任务类型
分类
创建/更新时间
2024-01-01

资源简介

MMIST透明细胞肾癌多模态数据集

【一句话概览】

透明细胞肾细胞癌(ccRCC)是成人中最常见的肾癌类型,占所有肾细胞癌病例的比例高达80%。预后评估对患者管理至关重要,但仍是一项极具挑战性的任务。相关研究已促成两项公开研究:CPTAC-CCRCC和TCGA-KIRC,MMIST-ccRCC即由此整理而来。该数据集包含618名受试者、1288幅影像,涵盖CT、MRI、WSI、基因组学、临床及多模态数据(来源 multi-modal-ist.github.io)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《MMIST ccRCC Dataset》。

【数据内容】

源站原始描述:ccRCC is the most common type of kidney cancer, accounting for up to 80% of all renal cell carcinoma cases in adults. Estimating the prognosis is critical for patient management, but it is still a very challenging task. Ongoing research on this topic has led to the creation of two public studies: CPTAC-CCRCC and TCGA-KIRC, from which we curated MMIST-ccRCC

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):ccRCC是肾癌最常见的类型,在成人所有肾细胞癌病例中占比高达80%。评估预后对患者管理至关重要,但仍是一项极具挑战性的任务。针对该主题的持续研究促成了两项公开研究的建立:CPTAC-CCRCC和TCGA-KIRC,我们从中整理了MMIST-ccRCC。

【主题与分类】

主题标签:ccRCC、kidney cancer、renal cell carcinoma、CT、MRI、WSI、Genomics、Clinical、multi-modal。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://multi-modal-ist.github.io/datasets/ccRCC/

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源站:https://multi-modal-ist.github.io/datasets/ccRCC/

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

MMIST-ccRCC 汇集CPTAC和TCGA来源的CT、MRI、病理、基因组和临床数据,用于透明细胞肾癌预后研究。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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