PBRM1 RNA测序 [4T1]
哺乳动物 SWI/SNF 或 BAF 是多亚基复合物，通过与转录因子及其他染色质调控因子协同调节染色质可及性，从而调控细胞类型特异性基因表达
![GSE327926: PBRM1 RNA-seq [4T1]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/67500.jpg)
基本信息
资源简介
PBRM1 RNA测序 [4T1]
GSE327926: PBRM1 RNA-seq [4T1] 是一个来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）的肿瘤相关数据集，在本站被归类于肿瘤 / 肾癌方向。该数据集围绕 PBRM1 在基因表达调控中的作用展开，采用 RNA-seq 手段获取转录组层面的信息。PBRM1 是 SWI/SNF 染色质重塑复合物中 PBAF 亚类的定义性亚基，而哺乳动物 SWI/SNF 或 BAF 属于多亚基复合物，能够通过与转录因子及其他染色质调控因子协同作用，调节染色质可及性，进而调控细胞类型特异性基因表达。该数据集所对应的研究背景涉及 PBRM1 在肾癌等肿瘤中的功能，尤其是其与上皮-间质转化（EMT）相关基因表达调控之间的关系。
【数据集背景】
哺乳动物 SWI/SNF 或 BAF 是多亚基复合物，通过与转录因子及其他染色质调控因子协同调节染色质可及性，从而调控细胞类型特异性基因表达。PBRM1 是 PBAF 类 SWI/SNF 复合物的定义性亚基。该基因在约 40% 的透明细胞肾细胞癌病例中发生突变，同时也与癌症进展和治疗耐药相关，提示其功能具有背景依赖性。此前已有报道指出，正常上皮细胞中 PBRM1 的缺失会导致部分上皮-间质转化（EMT）。在本研究中，研究者利用表观基因组学和转录组学方法，探讨 PBRM1 在 EMT 调控基因表达中的机制作用，以及其与全基因组组蛋白修饰之间的关系。该数据集即为该研究中的 RNA-seq 部分，样本标识为 [4T1]。
【数据内容】
该数据集为 RNA-seq 数据，英文名称为 GSE327926: PBRM1 RNA-seq [4T1]。其核心内容应涉及转录组层面的基因表达信息，用于分析 PBRM1 对 EMT 相关基因表达的影响。由于源站描述未提供具体的样本数量、测序平台、读长、比对流程、表达矩阵或差异基因列表等细节，这些内容源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。在本站中，其分类为肿瘤 / 肾癌。样本标识为 [4T1]，提示该 RNA-seq 数据可能与 4T1 相关样本有关，但源站描述未进一步说明 4T1 的具体含义、物种、组织来源或处理条件。关于样本采集、建库、测序和数据处理的具体方法，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 PBRM1 在染色质重塑复合物中的功能，尤其是其在 EMT 调控基因表达中的作用。由于 PBRM1 在透明细胞肾细胞癌中高频突变，并与癌症进展和治疗耐药相关，该数据也可用于探索 PBRM1 功能背景依赖性相关的转录组变化。此外，结合表观基因组学数据，该 RNA-seq 数据可用于分析 PBRM1 与全基因组组蛋白修饰之间的关系。具体分析场景需依据源站提供的原始数据和实验设计确定。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI 来源站点获取，具体访问方式、下载链接、文件格式及配套元数据需参考源站页面。使用时应结合该研究中的表观基因组学数据，以理解 PBRM1 在 EMT 调控基因表达中的机制作用及其与组蛋白修饰的关系。关于数据处理、标准化、差异表达分析或可视化流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的具体质量指标，如测序深度、重复数、批次效应、数据完整性等，源站未提供。其限制在于：当前信息仅能确认其为 PBRM1 相关 RNA-seq 数据，样本标识为 [4T1]，分类为肿瘤 / 肾癌，来源为 NCBI。关于样本特征、实验条件、数据规模和分析结论，源站未提供。因此，使用该数据集时需直接查阅源站记录以评估其适用性和质量。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可条款和使用限制，源站未提供。使用时应遵循 NCBI 及原始数据提供方的相关要求，并引用对应的原始研究。具体引用信息需查阅源站页面。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327926
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
哺乳动物SWI/SNF或BAF是多亚基复合物，通过与转录因子及其他染色质调控因子协同调节染色质可及性，从而调控细胞类型特异性基因表达。PBRM1是SWI/SNF复合物中PBAF类的复合物定义亚基。它在约40%的透明细胞肾细胞癌病例中发生突变，同时也与癌症进展和治疗耐药相关，提示其具有情境依赖性功能。我们此前报道，正常上皮细胞中PBRM1的缺失会导致部分上皮-间充质转化（EMT）。在本研究中，我们利用表观基因组学和转录组学方法来理解PBRM1在EMT调控基因表达中的机制作用，及其与全基因组组蛋白修饰的关系。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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