PXD000529:使用MHCC97H和HCCLM3肝癌细胞系的1、8、20号染色体蛋白质组数据集,仪器为Q Exactive,共3部分之第1部分
该数据集来自EBI,属于肿瘤/肝细胞癌(HCC)分类,采用MHCC97H与HCCLM3两种肝癌细胞系,使用Q Exactive质谱仪采集,聚焦1、8、20号染色体的蛋白质组,是3部分数据中的第1部分

基本信息
资源简介
PXD000529:使用MHCC97H和HCCLM3肝癌细胞系的1、8、20号染色体蛋白质组数据集,仪器为Q Exactive,共3部分之第1部分
该数据集来自EBI,属于肿瘤/肝细胞癌(HCC)分类,采用MHCC97H与HCCLM3两种肝癌细胞系,使用Q Exactive质谱仪采集,聚焦1、8、20号染色体的蛋白质组,是3部分数据中的第1部分。样本经尿素裂解、Lys-C与胰蛋白酶顺序酶切、C18柱纯化,每个细胞系取1.5 mg蛋白,设两个技术重复、每个重复24个组分,并用Mascot v2.3检索Swiss-prot(2013-6)数据库。可用于肝癌细胞系蛋白质组鉴定、染色体水平蛋白编码基因表达分析及相关方法学参考(来源 ebi.ac.uk)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):如上所述的新鲜细胞被收获,并在含8 M尿素、50 mM NH4HCO3和5 mM IAA的缓冲液中裂解。总细胞裂解液在4摄氏度下以12,000 g离心10分钟以去除细胞碎片,每个细胞系取1.5 mg蛋白,随后分别在37摄氏度下用Lys-C和胰蛋白酶进行顺序溶液内蛋白消化。胰蛋白酶肽通过C18 Sep-Pak柱(Waters UK Ltd, Manchester, UK)清洗。该数据集使用的质谱仪为Q-Exactive。该数据集以两个技术重复和每个重复24个组分生成。数据库搜索过程使用Mascot v2.3完成。数据库为Swiss-prot(2013-6版)。
【主题与分类】
主题标签:Chromesome 1、Q-exactive、8、Chpp、Hcc cell lines、20。本站分类:肿瘤/肝细胞癌(HCC)。
【获取与许可】
源站页面:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000529
下载信息
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数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000529
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
如上所述,新鲜细胞被收集并在含有8 M尿素、50 mM NH4HCO3和5 mM IAA的缓冲液中裂解。总细胞裂解物在4摄氏度下以12,000 g离心10分钟以去除细胞碎片,随后每种细胞系的1.5毫克蛋白质分别在37摄氏度下通过Lys-C和胰蛋白酶进行序列性溶液内蛋白质消化。胰蛋白酶消化后的肽段通过C18 Sep-Pak柱(Waters UK Ltd,曼彻斯特,英国)纯化。本数据集使用的质谱仪为Q-Exactive。数据集通过两次技术重复生成,每次重复包含24个分级。数据库搜索过程采用Mascot v2.3完成。所用数据库为Swiss-prot(2013年6月版)。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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