TK-EPN862 后颅窝A型室管膜瘤患者来源异种移植模型 RNAseq

资源简介

TK-EPN862 后颅窝A型室管膜瘤患者来源异种移植模型 RNAseq

TK-EPN862 是一个以后颅窝A型（PFA）室管膜瘤为研究对象的患者来源原位异种移植（PDOX）模型 RNA 测序数据集，收录于 ega-archive.org，在站内归入肿瘤 / 室管膜瘤分类。该模型由 Whitehouse 等人于 2023 年发表在 Frontiers in Oncology 的研究建立，源自一例转移性颅内病灶的患者样本。数据集提供的 RNA 测序数据为双端测序，覆盖原发肿瘤、两个转移灶（一个位于脊髓、一个位于颅内）以及由该患者来源建立的异种移植样本，可用于比较患者肿瘤与其 PDOX 模型在转录组层面的特征。整体而言，该数据集服务于室管膜瘤 PDOX 模型的建立与验证，尤其是围绕体内致瘤性丧失这一现象的相关研究。

【数据集背景】

该数据集对应的研究关注室管膜瘤患者来源原位异种移植模型的建立与体内致瘤性变化。研究报道了后颅窝A型（PFA）室管膜瘤 PDOX 模型的建立过程，该模型来源于一例患者的转移性颅内病灶。研究将患者肿瘤与 PDOX 肿瘤一并纳入 RNA 测序分析，以支撑对模型特征的刻画。相关成果由 Whitehouse 等人于 2023 年发表在 Frontiers in Oncology，数据集名称中的 TK-EPN862 为其标识。

【数据内容】

数据集内容为 RNA 测序数据，采用双端（paired end）测序方式。样本覆盖四类材料：原发肿瘤、两个转移病灶（其一位于脊髓，其一位于颅内），以及由该患者建立的患者来源异种移植样本。数据即对应上述患者与 PDOX 肿瘤的转录组测序结果，用于患者肿瘤与 PDOX 模型之间的比较分析。除这些样本类型与测序方式外，源站未提供关于数据文件数量、测序平台、读长、数据量等更细的信息。

【采集与来源】

样本来自一例后颅窝A型室管膜瘤患者，PDOX 模型由该患者的转移性颅内病灶建立，并以原位异种移植的方式在小鼠体内维持。数据集通过 ega-archive.org 发布，源站描述指向 Whitehouse 等人 2023 年发表于 Frontiers in Oncology 的研究。关于样本采集的具体时间、伦理审批编号、患者临床信息等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于室管膜瘤，特别是后颅窝A型室管膜瘤患者来源异种移植模型的转录组层面验证与比较研究，例如对照原发肿瘤、转移灶与 PDOX 样本的 RNA 测序结果，考察模型在基因表达层面与患者肿瘤的对应关系。结合源站描述中“体内致瘤性丧失”的研究主题，该数据也可用于围绕 PDOX 模型致瘤性变化开展的分析。关于更具体的下游分析类型，源站未提供。

【使用方法】

使用时可将原发肿瘤、脊髓转移灶、颅内转移灶与患者来源异种移植样本的 RNA 测序数据进行分组比较，以考察患者肿瘤与 PDOX 模型之间以及不同病灶之间的转录组差异。由于数据为双端测序，分析流程应按双端 RNA 测序数据处理。关于具体的比对参考基因组、标准化方法或分析流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本类型明确，覆盖原发肿瘤、两个转移灶与 PDOX 样本，便于开展配对比较；但其来源于单一患者的模型建立研究，样本构成以该患者的相关材料为主。关于测序深度、数据质量评估、批次信息等，源站未提供。使用时应结合源站描述与原始发表文献确认数据范围。

【引用与许可】

引用时应参照 Whitehouse 等人 2023 年发表在 Frontiers in Oncology 的研究，以及 ega-archive.org 上该数据集（TK-EPN862）的收录信息。关于数据使用许可条款与具体引用格式，源站未提供。