儿童H3K27M中线胶质瘤单细胞数据集
SCP147 是儿童H3K27M突变中线胶质瘤单细胞分析数据，支持细胞类型和表达模式探索。由Broad Institute提供，来自Single Cell Portal，数据格式为表格，包含4058条数据记录，适用于分类任务，专注于肿瘤领域的弥漫性中线胶质瘤（DMG）研究。
基本信息
资源简介
儿童H3K27M中线胶质瘤单细胞数据集
【一句话概览】
对6例儿童中线H3K27M突变胶质瘤及匹配模型中的3321个细胞进行单细胞RNA测序，发现肿瘤主要由类似少突胶质前体细胞的细胞构成，分化程度更高的恶性细胞占少数。OPC样细胞增殖和肿瘤传播能力更强，部分依赖PDGFRA信号维持。该研究在单细胞分辨率及跨遗传亚克隆层面刻画了H3K27M胶质瘤的致癌与发育程序，提示潜在治疗靶点（来源 singlecell.broadinstitute.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《single-cell analysis in pediatric midline gliomas with histone H3K27M mutation》。
【数据内容】
源站原始描述：Gliomas with histone H3 lysine27-to-methionine mutations (H3K27M-glioma) arise primarily in the midline of the central nervous system of young children, suggesting a cooperation between genetics and cellular context in tumorigenesis. While the genetics of H3K27M-glioma are well-characterized, their cellular architecture remains uncharted. Here, we performed single-cell RNA-seq in 3,321 cells from six primary H3K27M-glioma and matched models. We found that H3K27M-glioma primarily contain cells re…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：伴有组蛋白H3第27位赖氨酸至甲硫氨酸突变（H3K27M）的胶质瘤主要起源于幼儿中枢神经系统的中线区域，提示肿瘤发生中遗传学与细胞背景之间的协同作用。尽管H3K27M胶质瘤的遗传学特征已被充分描述，但其细胞结构仍未被探索。在此，我们对来自6例原发性H3K27M胶质瘤及匹配模型的3，321个细胞进行了单细胞RNA测序。我们发现H3K27M胶质瘤主要包含类似少突胶质前体细胞（OPC样）的细胞，而分化程度更高的恶性细胞仅占少数。重要的是，OPC样细胞比其分化程度更高的对应细胞表现出更强的增殖和肿瘤传播潜能，并且至少部分由PDGFRA信号维持。我们的研究在单细胞分辨率及跨遗传亚克隆层面刻画了H3K27M胶质瘤的致癌与发育程序，提示了该疾病的潜在治疗靶点。工作流程。样本在手术时采集，新鲜解离为单细胞悬液，并根据活力标记分选至96孔板中。按照Smart-Seq2方案进行全长scRNA-seq处理。来自H3K27M患者样本和模型的数据被分析，并与通过scRNA-seq分析的其他类型胶质瘤进行比较。
【主题与分类】
主题标签：pediatric midline gliomas、H3K27M mutation、single-cell RNA-seq、glioma、oligodendrocyte precursor cells、PDGFRA signaling、Smart-Seq2。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell/study/SCP147/single-cell-analysis-in-pediatric-midline-gliomas-with-histone-h3k27m-mutation
下载信息
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使用方式
数据集获取
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
SCP147 是儿童H3K27M突变中线胶质瘤单细胞分析数据，支持细胞类型和表达模式探索。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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