与差异甲基化区域相关的差异表达基因数据集
该数据集包含来自9例混合型肝细胞癌-胆管癌（HCC-CCA）患者的肿瘤样本，通过RNA-seq和RRBS技术提供了分离的HCC与CCA组分的基因表达（文本/数值型）和DNA甲基化（表观遗传数值）数据，主要用于研究这种罕见肝脏肿瘤的分子异质性、表观遗传调控机制（如差异甲基化区域与差异表达基因的关联）以及探索潜在的预后生物标志物和治疗靶点。
基本信息
资源简介
与差异甲基化区域相关的差异表达基因数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《DEGs associated with DMRs.》。源站首次发布：2025-05-27。
【数据内容】
源站原始描述：Combined hepatocellular carcinoma-cholangiocarcinoma (HCC-CCA) is a rare liver tumor comprising histologic features of both HCC and CCA. Due to its heterogeneous nature, treatment of combined HCC-CCA is a significant clinical challenge and prognosis remains poor. Therefore, further understanding of the tumor biology underlying the individual subtypes of this mixed tumor is required to improve treatment stratification and optimize treatment strategies. This study sought to identify altered epigen…
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 5.63 KB。Table 3.xls：application/vnd.ms-excel，5.63 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0324145.t003。
【主题与分类】
源站学科分类：Biochemistry、Genetics、Molecular Biology、Chemical Sciences not elsewhere classified、Immunology、Biological Sciences not elsewhere classified。主题标签：significant clinical challenge、differential analysis resulted、adjacent unstained slides、9 patients diagnosed、optimize treatment strategies、improve treatment stratification、prognosis remains poor、tumor biology underlying、gene expression patterns、wide dna methylation。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biochemistry、Genetics、Molecular Biology、Chemical Sciences not elsewhere classified、Immunology、Biological Sciences not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/DEGs_associated_with_DMRs_/29160191
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Schachtschneider, Kyle M.; Redlon, Luke N.; Lokken, Ryan Peter; Huang, Yu-Hui; Guzman, Grace; Schook, Lawrence B.; et al. (2025). DEGs associated with DMRs.. PLOS ONE. Dataset
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
源站：https://figshare.com/articles/dataset/DEGs_associated_with_DMRs_/29160191
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数据说明
该数据集聚焦于混合型肝细胞癌-胆管癌（HCC-CCA），这是一种罕见的肝脏肿瘤，同时具有肝细胞癌和胆管癌的组织学特征。数据集包含了来自9例混合型HCC-CCA患者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤样本，通过显微切割技术分离出其中的HCC和CCA组分。利用简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）和RNA-seq技术，分别对分离的组分进行了DNA甲基化谱（7例HCC和7例CCA）和基因表达谱（7例HCC和8例CCA）分析。研究旨在识别混合型HCC-CCA中不同组分间差异的表观遗传调控和基因表达模式，共鉴定出57个差异表达基因（DEGs）和808个差异甲基化区域（DMRs）。这些数据主要应用于研究HCC-CCA的肿瘤生物学、表观遗传调控机制（如Wnt信号通路、电压门控通道相关基因的甲基化变化）以及潜在的预后和治疗靶点，为改善这种致命疾病的治疗分层和策略优化提供分子依据。
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