基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

肺转移复发性宫颈癌PDX连续传代转录组图谱

PRJDB42675 是一个收录于 NCBI BioProject 的转录组学数据集，其英文全称为 Transcriptomic profiling of serially passaged PDX from pulmonary metastatic recurrent cervical cancer。该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站将其归类于肿瘤 / 宫颈癌方向。从名称与主题可以看出，该数据集围绕肺转移复发性宫颈癌来源的 PDX 模型在连续传代过程中的转录组分析展开，属于基因表达层面的研究数据。BioProject 作为生物数据的集合性记录，旨在将同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于统一入口，便于用户查找与访问。该数据集即通过这一机制对外提供，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题显示其对应物种为 Homo sapiens（ID 1491148）。

【数据集背景】

该数据集所依托的研究对象为肺转移复发性宫颈癌来源的 PDX 模型。PDX 即人源肿瘤异种移植模型，通常用于在体内环境中保留肿瘤的生物学特征。该数据集关注的是此类模型在连续传代过程中的转录组变化，主题标签明确指向 Transcriptome or Gene expression，说明其数据核心在于基因表达层面的刻画。源站将其作为 BioProject 记录进行组织，意味着该研究计划下的相关数据可通过统一入口进行关联查找。本站分类将其归入肿瘤 / 宫颈癌，进一步提示其研究语境与宫颈癌的转移、复发及模型传代相关。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容属于转录组或基因表达数据范畴。数据集英文名中提及“serially passaged PDX”，说明数据涉及 PDX 模型在连续传代条件下的转录组分析。关于具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、基因表达矩阵或差异表达结果等细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身作为数据集合的入口，用于链接该项目所产生的多种数据类型，但具体的数据组成需以源站实际记录为准。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题显示为 Homo sapiens（ID 1491148）的 BioProject 记录。根据源站描述，BioProject 是由单一组织或联盟发起的、与单一研究计划相关的生物数据集合，其记录为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一位置。该数据集即通过 NCBI BioProject 平台对外发布，英文名为 PRJDB42675。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及实验操作流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肺转移复发性宫颈癌及 PDX 模型相关的转录组研究场景。由于主题标签为 Transcriptome or Gene expression，其潜在用途包括基因表达层面的分析、PDX 模型在连续传代过程中转录组特征的比较研究，以及围绕宫颈癌肺转移复发机制的探索。此外，该数据集可作为 BioProject 记录用于检索同一研究计划下的多种数据类型。关于具体的分析应用方向与验证结论，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 平台进行访问，用户可依据其英文名 PRJDB42675 在源站检索对应记录。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此进一步获取相关数据。关于具体的数据下载方式、文件格式说明、分析工具推荐或处理流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物数据集合记录。关于数据质量评估指标、样本量大小、测序深度、数据完整性程度以及潜在的技术偏差等，源站未提供。用户在使用时应结合源站记录中的实际信息进行判断。该数据集的分类为肿瘤 / 宫颈癌，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，其适用范围应以此为基础进行界定。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，英文名为 PRJDB42675。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制或数据共享政策，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考源站记录中的相关说明并遵循相应的引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB42675

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB42675

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究源自复发性宫颈癌的患者来源异种移植肿瘤中的转录组程序。利用RNA-seq表征在连续传代过程中发生的、反映肿瘤进展的基因表达变化。福岛TR提供的PDX模型符合“非人类受试者研究材料”的所有标准：(1)其科学价值已经确立，(2)已被多个机构广泛用于研究，(3)可通过标准MTA程序公开获取。因此，该数据集被认为不在《涉及人类受试者的医学和生物学研究伦理指南》的范围之内。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别