PRJDB16244：宫颈癌肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞来源的衣康酸促进肿瘤生长
癌相关成纤维细胞（CAFs）是肿瘤组织的主要组成部分，已知在肿瘤微环境（TME）中不同细胞间相互作用的协调中发挥重要作用
基本信息
资源简介
PRJDB16244：宫颈癌肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞来源的衣康酸促进肿瘤生长
PRJDB16244 是一个聚焦于宫颈癌肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞（CAFs）作用机制的数据集，其英文全称为 Cancer-associated Fibroblast-Derived Itaconate in Tumor Microenvironment Promotes Tumor Growth in Cervical Cancer。该数据集归属于肿瘤 / 宫颈癌分类，来源于 ebi.ac.uk。从整体研究框架看，该数据集围绕 CAFs 在肿瘤组织中的关键角色展开，旨在通过单细胞 RNA 测序与空间 RNA 测序相结合的策略，探索 CAFs 存在与否对肿瘤基因表达谱的影响，并尝试在单细胞水平上解析 CAF 诱导的细胞间相互作用。癌相关成纤维细胞是肿瘤组织的主要组成部分，已知在肿瘤微环境中不同细胞间相互作用的协调中发挥重要作用，而该数据集正是为深入理解这一过程而构建。
【数据集背景】
癌相关成纤维细胞（CAFs）是肿瘤组织的主要组成部分，在肿瘤微环境（TME）中不同细胞间相互作用的协调中具有重要作用。然而，由于 CAFs 的存在，TME 中不同类型细胞的基因表达谱会发生何种变化，此前尚不清晰。该数据集正是针对这一问题，通过构建有无 CAFs 的肿瘤模型，利用单细胞 RNA 测序技术对异种移植肿瘤组织进行分析，以揭示 CAFs 对肿瘤细胞及其他微环境细胞基因表达的影响。该研究背景立足于肿瘤微环境中细胞间通讯的复杂性，试图从单细胞分辨率层面提供新的认识。
【数据内容】
该数据集的核心内容为异种移植肿瘤组织的单细胞 RNA 测序数据，涵盖有 CAFs 和无 CAFs 两种条件下的肿瘤样本。此外，数据集还包含对同一肿瘤切片进行的空间 RNA 测序数据。通过单细胞 RNA 测序与空间 RNA 测序数据的联合分析，研究者期望获得足够的分辨率，以在单细胞水平上探索 CAF 诱导的 TME 中细胞间相互作用。数据内容涉及不同细胞类型的基因表达谱差异，但具体基因列表、细胞类型注释、测序深度、细胞数量等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。根据源站描述，研究采用异种移植肿瘤组织作为样本来源，分别在有 CAFs 和无 CAFs 的条件下进行单细胞 RNA 测序。同时，对同一肿瘤切片进行空间 RNA 测序。采集的具体时间、地点、样本数量、测序平台、试剂型号等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤微环境研究领域，尤其是宫颈癌相关的基础研究。具体而言，可用于探索 CAFs 对肿瘤生长的影响机制、分析 CAF 诱导的细胞间相互作用、比较有无 CAFs 条件下肿瘤细胞及微环境其他细胞的基因表达差异，以及结合空间信息研究细胞在组织中的分布与通讯。此外，该数据集也可能为理解肿瘤微环境中代谢物（如衣康酸）介导的细胞间调控提供数据支持，但具体代谢物相关结论需依据源站描述，源站未提供进一步细节。
【使用方法】
该数据集的使用需结合单细胞 RNA 测序数据分析流程与空间 RNA 测序数据分析方法。研究者可对单细胞数据进质控、降维、聚类和细胞类型注释，进而比较有 CAFs 与无 CAFs 组间的差异表达基因和细胞比例变化。空间 RNA 测序数据可用于将细胞类型映射回组织切片，验证细胞间相互作用的空问分布。联合分析时，需注意两种数据模态的整合与批次效应处理。具体分析工具、参数设置及代码，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于异种移植肿瘤模型，可能无法完全反映人类宫颈癌自然肿瘤微环境的全部特征。单细胞 RNA 测序与空间 RNA 测序技术本身存在技术噪音、 dropout 事件及分辨率限制。此外，源站描述中未提及样本量、重复数、测序深度、数据质量控制指标等信息，因此无法对数据质量进行量化评估。该数据集的结论外推需谨慎，尤其是从异种移植模型到临床患者的转化。具体限制因素，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及访问权限等信息，源站未提供。使用者应直接访问 ebi.ac.uk 上该数据集的对应页面，以获取最新的引用要求和许可说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB16244
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
癌相关成纤维细胞（CAFs）是肿瘤组织的主要成分，已知在协调肿瘤微环境（TME）中不同细胞之间的相互作用方面具有重要作用。然而，由于CAF的存在，TME中不同类型细胞的基因表达谱变化仍不清楚。在此，我们通过对异种移植瘤组织进行单细胞RNA测序，探索有/无CAFs肿瘤的差异基因表达谱。对单细胞RNA测序数据的分析，结合同一肿瘤切片的空间RNA测序数据，应能提供足够的分辨率，以在单细胞水平上探索CAF诱导的TME中细胞相互作用。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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