人胶质母细胞瘤迁移前沿弥漫性肿瘤浸润细胞的单细胞RNAseq分析

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/558385a4-b7b7-4eca-af0c-9e54d010e8dc

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤（GBM）是成人中最常见的原发性脑癌，因其弥漫性特性而极难治疗。我们对一个包含四名患者的队列中的3，589个细胞进行了单细胞RNA测序（RNA-seq）。我们从肿瘤核心及周围外周组织获取了细胞。分析揭示了肿瘤基因组和转录组中的细胞变异。我们还能够在核心病灶周边区域识别出浸润性肿瘤细胞。尽管肿瘤细胞间存在显著异质性，我们发现浸润性GBM细胞在患者间共享一致的基因特征，提示存在共同的浸润机制。此外，在研究对肿瘤的免疫反应时，我们发现肿瘤核心及周围瘤周空间中存在转录上不同的髓系细胞群体。我们的数据提供了对GBM细胞类型的详细剖析，揭示了关于肿瘤形成和迁移的大量信息。疾病：胶质母细胞瘤。组织：大脑皮层。检测方法：Smart-seq2。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。