胶质母细胞瘤从肿瘤核心到宏观正常皮层的单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/113a558a-e96e-4643-81db-140e95c58578

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类胶质母细胞瘤样本是在获得两名患者知情同意及瑞典伦理审查局伦理批准的情况下采集的。系统采样是在距肿瘤核心中心不同距离的四个方向（前、后、上、下）进行的。基于5-ALA荧光进行了多次采样，以消除脑移位偏差。组织样本被解离，并使用血细胞计数器分析悬液质量。每个样本处理2至3个重复用于scRNAseq，采用10X Genomics V3.1试剂盒，随后在Illumina NovasSeq平台上进行深度测序，每个细胞约100,000读取。疾病：胶质母细胞瘤。组织：右侧颞叶。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。