脑恶性肿瘤患者脑脊液蛋白质组学特征

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD021984

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

近年来，通过液体活检进行分子诊断的技术进步，有望在不需侵入性手术获取组织的情况下，监测脑部恶性肿瘤的演变和治疗反应。在此，我们实施了一种新的基于质谱的蛋白质分析流程，并分析了来自四种脑部恶性肿瘤（胶质母细胞瘤、淋巴瘤、脑转移和脑膜疾病）患者以及健康个体的251份脑脊液（CSF）样本。平均而言，我们每份CSF样本中鉴定出511±121种蛋白质。与对照组相比，四种脑部恶性肿瘤中均有169种蛋白质普遍失调。对胶质母细胞瘤患者的CSF分析确定了两个与肿瘤大小和患者生存相关的蛋白质组簇。通过将CSF数据与匹配的胶质瘤组织及原代胶质瘤细胞的蛋白质组分析相结合，我们确定了胶质母细胞瘤的潜在CSF生物标志物，特别是几丁质酶-3样蛋白1（CHI3L1）和胶质纤维酸性蛋白（GFAP）。结果在一个包含35名胶质母细胞瘤患者的前瞻性队列中得到了验证。

一名脑膜疾病患者对联合药物治疗的反应与蛋白质组特征的复杂变化相关，其中包括检测到潜在的耐药机制。因此，对脑恶性肿瘤患者的脑脊液进行蛋白质组学分析，有望揭示用于诊断和治疗监测的生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。