PRJNA962088：CAN-2409在体外和体内胶质瘤模型中转录组景观改变的研究

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA962088

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数据说明

理由：CAN-2409是一种局部递送的溶瘤疗法，可对注射的肿瘤产生疫苗接种效应。CAN-2409由一种非复制型腺病毒组成，该病毒携带单纯疱疹病毒胸苷激酶，可将更昔洛韦代谢为磷酸化核苷酸，后者被整合到肿瘤细胞基因组中，从而引发免疫原性癌细胞死亡。虽然CAN-2409的免疫学影响已被充分表征，但其对肿瘤细胞转录组的影响仍不清楚。我们比较了在体外和体内用CAN-2409治疗胶质母细胞瘤模型后的转录组图谱，以评估与肿瘤微环境的相互作用如何影响CAN-2409介导的转录组改变。方法：我们对经CAN-2409治疗的患者来源胶质瘤干样细胞以及C57/BL6小鼠肿瘤进行了RNA-Seq，并比较了KEGG通路使用情况和差异基因表达，重点关注免疫细胞和细胞因子谱。进行了T细胞杀伤试验以评估候选效应因子。结果：PCA分析显示，在两种条件下，对照组和CAN-2409样本均呈现明显聚类。

KEGG通路分析显示p53信号通路和细胞周期通路显著富集，两条通路的关键调控因子在体外和体内均表现出相似的动态变化，包括MYC、CCNB1、PLK1和CDC20。细胞因子表达分析显示，在两种条件下促炎性IL12a均上调；免疫细胞基因谱分析显示髓系相关基因减少。T细胞杀伤实验显示，在IL-12存在的情况下杀伤作用增强。结论：CAN-2409在体外和体内均显著改变转录组。通路富集比较揭示了两种条件下通路的共同利用和差异利用，提示其对肿瘤细胞细胞周期的调节作用，以及体内肿瘤微环境对转录组的调节作用。IL-12的合成可能依赖于与肿瘤微环境的相互作用

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。