PRJNA899373：中晚期产前人皮层发育单核转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA899373

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类新皮质在产前晚期发育过程中，经历了一个关键的胶质细胞生成与皮质扩张时期。然而，针对妊娠晚期细胞多样性及胶质细胞谱系的系统性单细胞分析尚属空白。为此，我们基于15例产前非病理性死后样本及3例成人对照的增殖性生发基质与分层皮质板，构建了一个全面的单核RNA测序图谱。此数据集以高时间分辨率捕捉了产前胶质细胞生成过程，并作为资源供进一步研究之用。通过计算分析，我们揭示了胶质祖细胞的更大复杂性，包括人类妊娠晚期 transient 胶质中间祖细胞（gIPC）和新生星形胶质细胞群体的存在。我们利用谱系轨迹和RNA速度推断，进一步刻画了在少突胶质细胞（gIPC-O）和星形胶质细胞（gIPC-A）谱系分化之前的特定gIPC亚群。

我们推断出与每个发育状态相关的独特转录驱动因子和生物学通路，验证了gIPC-A和gIPC-O在人类生发基质和皮层板原位中的存在，并证明gIPC状态在成人和儿童胶质母细胞瘤中得以重现。总体设计：单核转录组学（snRNA-seq）数据来自15个妊娠中晚期的产前非病理性人类死后样本的新鲜冷冻、大体解剖的生发基质和皮层板，以及来自3个成人非病理性人类死后对照的新鲜冷冻、大体解剖的基底节和大脑新皮层。生发基质在尾状丘脑沟水平进行大体解剖，皮层板取自相邻的额顶叶新皮层；两次解剖均大致包含等量的下方白质。对于产前组织，为在产前大脑中一致地解剖后部生发区，o

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。