脑脊液循环肿瘤DNA甲基化谱的全基因组分析：胶质母细胞瘤溶瘤病毒临床试验[mRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA846682

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数据说明

背景：胶质母细胞瘤（GBM）是中枢神经系统（CNS）常见的恶性肿瘤，预后差，生存期短。一种新型肿瘤裂解病毒Ad-TD-nsIL-12在临床前研究中已显示出良好的抗肿瘤特性。然而，Ad-TD-nsIL-12治疗GBM仍存在空白。方法：我们收集了注射Ad-TD-nsIL-12后不同时间点患者的脑脊液（CSF）和肿瘤组织，并分析了CSF循环肿瘤DNA（ctDNA）甲基化谱和表达谱。通过Lasso Cox回归分析和Cox回归分析筛选差异基因。使用CIBERSORT算法评估TCGA数据集中胶质瘤免疫细胞浸润的丰度。使用R软件、SPSS软件和Graphpad Prism分析枢纽基因在诊断、预后和免疫细胞相关性中的作用。结果：通过观察不同样本中甲基化水平的趋势，注射Ad-TD-nsIL-12后，3631个差异甲基化区域（DMRs）上调，497个DMRs下调，这些DMRs在70-82天内恢复了其甲基化水平。

结合TCGA数据集，筛选出8个枢纽基因以构建诊断和预后模型。枢纽基因与免疫细胞之间存在显著相关性。结论：本研究分析了Ad-TD-nsIL-12对GBM的近似治疗浓度、剂量和周期。揭示了脑脊液中的枢纽基因可作为GBM诊断和预后的生物标志物，并大胆推测了枢纽基因对Ad-TD-nsIL-12免疫机制的影响。总体设计：本研究从一组正常脑脊液（CSF）样本和一名复发胶质母细胞瘤患者不同时间采集的五份CSF样本中提取循环肿瘤DNA（ctDNA）并进行全基因组甲基化测序。该患者的CSF样本采集于溶瘤

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。