PRJNA819959：卡莫司汀缓释片治疗患者肿瘤微环境的不同基因组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA819959

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数据说明

尽管采用了包括手术、化疗和放疗在内的最先进治疗方案，被诊断为多形性胶质母细胞瘤（GBM）的患者中位总生存期仅为14个月。治疗效果不佳的原因在于肿瘤细胞和分子层面存在巨大的异质性（包括肿瘤间和肿瘤内）、生物学侵袭性强、易产生耐药性，以及肿瘤细胞向周围脑实质浸润的特性。此外，广泛研究表明，GBM的进展不仅依赖于肿瘤细胞本身，还依赖于其与周围微环境的相互作用。90年代末，一种新的辅助疗法获得批准，即在切除腔内放置释放卡莫司汀的晶片（CW）。尽管已报道的研究结果存在矛盾，但本研究所进行的一项回顾性研究显示，采用CW治疗116例GBM患者，长期生存者（OS >36个月）比例为17%。

我们从3名对CW植入有反应和3名无反应患者的肿瘤样本中分离出存在于胶质瘤微环境中的胶质瘤相关干细胞（GASC），并进行了转录组分析以识别差异表达基因。我们发现，来源于这两类患者的GASC具有不同的转录组谱，并选择了78个差异表达基因，在更多GASC细胞系中探索并验证其表达。我们鉴定出四个在从总生存期较长（>30个月）患者中分离的GASC中特异性下调的基因。这些基因与TCGA-GBM数据集中存储的临床数据具有相关性。总体设计：鉴于肿瘤微环境在GBM进展中的关键作用，我们在此利用先前建立的胶质母细胞瘤微环境体外模型，来表征代表对治疗有反应和无反应患者肿瘤微环境的细胞的转录组谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。