PRJNA785181：儿童室管膜瘤单细胞RNA测序揭示与患者生存相关的亚克隆异质性
该数据集为 NCBI BioProject 收录的儿童室管膜瘤单细胞 RNA 测序项目，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，属于肿瘤与脑肿瘤方向
基本信息
资源简介
PRJNA785181：儿童室管膜瘤单细胞RNA测序揭示与患者生存相关的亚克隆异质性
PRJNA785181 是 NCBI BioProject 收录的一项儿童室管膜瘤单细胞 RNA 测序项目，其完整英文名称为 Single-Cell RNA Sequencing of Pediatric Ependymoma uncovers Subclonal Heterogeneity associated with Patient Survival。该项目围绕儿童室管膜瘤这一脑肿瘤类型展开，采用单细胞 RNA 测序技术获取转录组层面的基因表达信息，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。项目记录可在 NCBI BioProject 数据库中以编号 785181 检索，属于肿瘤与脑肿瘤研究方向，为研究者了解该疾病在单细胞尺度上的表达特征提供了数据入口。
【数据集背景】
室管膜瘤是发生于中枢神经系统的肿瘤，儿童患者是其重要受累群体。该项目以儿童室管膜瘤为研究对象，英文标题中提及亚克隆异质性（Subclonal Heterogeneity）与患者生存（Patient Survival）之间的关联，说明其研究关注点在于肿瘤内部不同细胞亚群的分化状态及其与临床结局的潜在联系。项目通过单细胞 RNA 测序手段，试图在单个细胞分辨率上刻画肿瘤的转录组特征，从而超越传统批量测序对细胞异质性的平均化处理。该 BioProject 记录本身是 NCBI 对某一研究计划所产生生物数据的汇总入口，便于用户集中定位该项目下不同数据类型及其链接。
【数据内容】
该数据集的核心数据类型为单细胞 RNA 测序所产生的转录组或基因表达数据，主题标签明确标注为 Transcriptome or Gene expression。单细胞 RNA 测序通常用于测量单个细胞中基因转录本的丰度，据此可分析细胞类型构成、状态差异以及亚群间的表达异质性。结合项目标题，数据内容应涵盖儿童室管膜瘤样本的单细胞表达谱，并可能涉及与亚克隆结构及患者生存相关的分析结果。关于样本数量、细胞数、测序平台、具体基因列表等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 785181。BioProject 是 NCBI 提供的生物项目记录体系，用于汇集来自单一机构或联盟的、与某一研究计划相关的多种类型生物数据，并为用户提供统一的检索入口以链接该项目产生的各类数据。该记录本身并不直接等同于原始测序数据文件，而是指向相关数据资源的目录性条目。关于样本采集地点、时间、机构、伦理审批等具体来源信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤学与脑肿瘤研究领域，尤其是儿童室管膜瘤的分子特征探索。单细胞转录组数据可用于研究肿瘤内细胞亚群的组成与异质性，分析不同亚克隆的基因表达差异，并进一步探讨这些差异与患者生存等临床指标之间的关联。此外，该数据也可作为转录组或基因表达研究的参考资源，用于方法学比较、细胞类型注释流程验证以及与其他儿童脑肿瘤数据集的整合分析。对于关注单细胞测序在实体瘤中应用的研究者，该项目提供了一个可检索的公开数据入口。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目编号 785181 或数据集英文名称进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供指向该项目所产生各类数据的链接，用户可据此定位相关的转录组或基因表达数据资源。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程与配套工具，源站未提供。使用时应结合项目标题所提示的研究主题，即儿童室管膜瘤单细胞 RNA 测序与亚克隆异质性、患者生存的关联，合理设定分析目标。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，其数据质量、测序深度、细胞捕获效率、批次效应控制等具体指标，源站未提供。单细胞 RNA 测序数据通常存在技术噪声、 dropout 事件以及样本间批次差异等共性挑战，但本项目是否采取相应质控措施，源站未提供。此外，该记录作为项目汇总条目，可能不包含完整的原始数据或分析代码，用户需依据记录中的链接进一步获取。关于数据覆盖范围、样本代表性及临床信息完整度，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 785181，英文名称为 PRJNA785181: Single-Cell RNA Sequencing of Pediatric Ependymoma uncovers Subclonal Heterogeneity associated with Patient Survival。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用限制及数据共享政策，源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关规定，并依据项目记录页面所载信息进行规范引用。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA785181
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
室管膜瘤是一种发生在整个中枢神经系统的恶性胶质瘤，复发率为三分之一。单细胞转录组技术的日益普及加速了我们对室管膜瘤的理解。在本研究中，我们生成了一个高分辨率的单细胞数据集，特别关注肿瘤群体内亚克隆差异的比较。作为传统伪时间分析的替代方法，我们开发了一种新的轨迹评分方法来预测生存结果和特定分子特征。此外，我们识别了复发样本与原发性样本之间可能的细胞间通讯特征，并显示与免疫细胞交互作用相关的通路上调。我们的结果揭示了肿瘤间和肿瘤内基因表达谱及肿瘤分化情况，并为未来在单细胞分辨率下研究脑肿瘤中各个亚克隆的转录组特征提供了一个框架，这可以补充现有的已发表数据集，为细胞类型特异性属性提供有价值的见解，并为疾病的治疗奠定基础。
总体设计：在本研究中，我们报告了从PF-A和ST区域的EPN患者中生成经过整理的单细胞转录组。为了解决肿瘤内亚克隆异质性，我们采用了一种使用inferCNV的去卷积方法，在单个PF-A样本中比较亚克隆之间的分子特征，作为概念验证。随后，我们在一个单独的PF-A EPN样本中鉴定出一个亚克隆特异性的纤毛相关程序，该程序与一个分化程度更高的亚群相关。作为传统伪时间分析的替代方法，我们还开发并将轨迹评分分析纳入我们的数据集，以预测EPN生存结果与特定分子特征之间的相关性，以及原发性和复发性肿瘤群体之间的相关性。最后，我们鉴定出推定的细胞间通讯特征，介于
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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