PRJNA772959：细胞内组成型活性TrkB激酶域及纯细胞内NTRK2融合癌基因介导的非典型细胞反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA772959

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们报告了应用RNA-seq对稳定表达TrkB的培养U87MG细胞进行分子谱分析的研究。我们的数据集基于每个样本约4000万条唯一读数，来自四种独立的mRNA制备物，涵盖九种不同的测试条件。U87MG是一种标准的人胶质母细胞瘤患者来源细胞系，作为研究胶质母细胞瘤分子特征的细胞模型。在我们的研究中，我们描述了TrkB通过Y705位点的细胞内自我激活及其在降低肌动蛋白动态和细胞迁移中的作用。借助此转录组数据集，我们希望突出显示TrkB自我激活后被激活的关键因素。该数据集表明，在改造后的U87MG细胞中，发生了转录水平的重编程，并开启了几种在调节免疫反应和防御机制中发挥作用的基因。总体设计：我们利用慢病毒载体生成了稳定表达TrkB、无活性TrkB激酶突变体以及与SQSTM1融合的TrkB（NTRK2）基因的U87MG细胞系。通过用多西环素处理细胞48小时来开启这些受体的表达，随后提取总RNA。

进行RNA测序以观察TrkB表达后基因的上调和/或下调情况（如有）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。