胶质母细胞瘤与非肿瘤脑组织样本基因表达比较

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA772254

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤(GBM)的大多数治疗失败发生在大剂量辐射野内，部分原因是DNA损伤修复能力增强。我们回顾性地定量了GBM组织样本中关键修复基因的表达水平，并将这些表达水平与总生存期(OS)进行关联分析。差异表达分析鉴定出7个修复基因在GBM组织中相对于对照组显著上调(差异>4倍，且所有校正p值<0.001)。在这7个基因中，Cox比例风险模型确定RAD51与死亡风险增加相关(HR=3.49；p=0.03)。Kaplan-Meier(KM)分析还表明，RAD51高水平患者的中位OS显著短于低水平患者(中位OS为10.6个月 vs 20.1个月，log-rank p=0.03)。随后，这些发现在一个包含162例患者的更大外部数据集中得到验证，该数据集使用通过相同NanoString技术定量的公开基因表达数据(中位OS为13.8个月 vs.

17.4个月；对数秩p = 0.006）总体设计：我们确定了24例成人GBM患者，均一接受最大安全范围切除术后进行常规分割放疗至少60 Gy，并同步及辅助替莫唑胺治疗。使用NanoString Technologies的nCounter平台对这些样本的mRNA进行定量，并以12份非肿瘤性颞叶组织样本作为对照进行差异表达分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。