基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

胶质母细胞瘤髓系细胞跨物种与疾病阶段的单细胞图谱

PRJNA684937 是一个收录于 NCBI BioProject 的生物学研究项目，其英文全称为“Single-cell profiling of myeloid cells in glioblastoma across species and disease stage reveals macrophage competition and specialization”。该项目聚焦胶质母细胞瘤中的髓系细胞，采用单细胞层面的分析手段，覆盖不同物种以及不同疾病阶段，旨在揭示巨噬细胞之间的竞争关系与功能特化。从主题标签看，该项目属于转录组或基因表达范畴；从本站分类看，归属于肿瘤 / 脑肿瘤方向。项目编号为 PRJNA684937，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题将其标注为 BioProject 记录，编号 684937。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是脑肿瘤研究中的重要对象，而髓系细胞是其微环境中的关键组成部分。该项目以单细胞分析为切入点，关注髓系细胞在胶质母细胞瘤中的表现，并将物种差异与疾病阶段差异同时纳入考察范围。其标题明确指出，研究意在揭示巨噬细胞的竞争与特化现象。该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJNA684937。BioProject 是围绕某一项研究计划而组织的生物数据集合，通常来源于单一机构或联合体，并为用户提供统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，即转录组或基因表达。结合项目标题可知，其数据内容围绕胶质母细胞瘤中髓系细胞的单细胞图谱分析展开，涉及跨物种和不同疾病阶段的比较，并指向巨噬细胞的竞争与特化。除上述信息外，源站未提供更细的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题显示其为 BioProject 记录，编号 684937，英文名称为 PRJNA684937: Single-cell profiling of myeloid cells in glioblastoma across species and disease stage reveals macrophage competition and specialization。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划组织的生物数据集合，来自单一机构或联合体，并为用户提供查找该项目多种数据类型的统一位置。除这些来源信息外，源站未提供具体的采集方式、样本来源或实验流程。

【适用场景】

该数据集适用于与胶质母细胞瘤、髓系细胞、单细胞分析、转录组或基因表达相关的研究场景，也可用于关注跨物种比较、疾病阶段差异以及巨噬细胞竞争与特化的分析工作。其本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤，因此也适合脑肿瘤方向的探索性使用。除上述方向外，源站未提供更具体的适用场景说明。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，编号为 PRJNA684937。用户可通过 BioProject 记录作为统一入口，查找该项目所关联的多种数据类型。除这一入口性质外，源站未提供具体的使用步骤、下载方式或分析流程。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，源站描述说明了 BioProject 的组织方式与入口作用。关于数据质量、样本规模、技术偏差或使用限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题标注其为 BioProject 记录，编号 684937。关于引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE163120

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA684937

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤是侵袭性原发性脑癌， invariably 复发为治疗耐药的肿瘤。髓系细胞控制胶质母细胞瘤的恶性程度，但其在疾病进展过程中的动态变化仍知之甚少。通过依赖单细胞RNA和蛋白质分析，我们绘制了新诊断和复发患者以及小鼠肿瘤中的胶质母细胞瘤免疫图谱。这揭示了一个庞大且多样的髓系细胞区室，其中树突状细胞和巨噬细胞群体在物种间保守，并在疾病各阶段呈现动态变化。肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）由小胶质细胞或单核细胞衍生群体组成，两者均表现出额外的异质性，包括具有保守脂质和缺氧特征的亚群。小胶质细胞和单核细胞衍生的TAMs（Mo-TAMs）是自我更新的群体，它们争夺空间，并可通过CSF1R阻断被耗竭。小胶质细胞衍生的TAMs在新诊断的肿瘤中占主导地位，但在复发时被Mo-TAMs超越，尤其是在缺氧的肿瘤环境中。我们的结果揭示了胶质母细胞瘤的髓系细胞图谱，并为未来的治疗干预提供了框架。

总体设计：野生型小鼠GL261胶质母细胞瘤（GBM）样本、CCR2基因敲除小鼠GL261 GBM样本、野生型小鼠GL261荷瘤全脑样本、人类复发性GBM样本、人类新诊断GBM样本***请注意，人类原始数据将存入欧洲基因组-表型档案（EGA），研究编号为EGAS00001004871，因为这是一个访问受限的数据集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别