PRJNA659491：肿瘤教育血小板RNA用于胶质母细胞瘤检测与（假）进展监测
该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJNA659491），主题为肿瘤教育血小板 RNA，用于胶质母细胞瘤的检测及（假）进展监测
基本信息
资源简介
PRJNA659491：肿瘤教育血小板RNA用于胶质母细胞瘤检测与（假）进展监测
该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 PRJNA659491，英文标题为“Tumor-educated platelet RNA for the detection and (pseudo)progression monitoring of glioblastoma”。其主题聚焦于肿瘤教育血小板 RNA，应用于胶质母细胞瘤的检测以及（假）进展监测。本站将其归类于肿瘤 / 脑肿瘤方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明数据与转录组或基因表达相关。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，用户可通过该 BioProject 记录集中获取与该项目相关的多种数据类型链接。整体而言，该数据集面向胶质母细胞瘤液体活检与疾病监测研究，以血小板 RNA 为分析对象，属于转录组学层面的生物项目资源。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject，编号 PRJNA659491。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议组织的生物数据集合，通常来源于单一机构或联盟。每条 BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的标题明确指出其研究主题为肿瘤教育血小板 RNA，用于胶质母细胞瘤的检测及（假）进展监测。本站分类将其归入肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明该项目的数据类型与转录组或基因表达相关。源站未提供更详细的研究背景、立项机构或联盟信息。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其数据内容涉及转录组或基因表达层面。项目标题提及肿瘤教育血小板 RNA，说明研究对象为血小板中的 RNA。标题同时指出该数据用于胶质母细胞瘤的检测和（假）进展监测。源站未提供具体的样本数量、测序平台、数据文件类型、数据量或分析结果等细节。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA659491。BioProject 记录通常汇集来自单一机构或联盟的、与同一研究计划相关的生物数据。源站未提供具体的样本采集地点、采集时间、采集机构、患者人群或伦理审批信息。
【适用场景】
根据项目标题和主题标签，该数据集适用于胶质母细胞瘤检测及（假）进展监测相关的研究，尤其是基于肿瘤教育血小板 RNA 的转录组或基因表达分析。本站分类为肿瘤 / 脑肿瘤，因此也可供脑肿瘤领域的转录组研究参考。源站未提供其他具体适用场景或应用案例。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录（编号 PRJNA659491）访问该项目，并利用该记录提供的链接查找与项目相关的多种数据类型。源站未提供具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或使用步骤。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息、数据完整性说明、技术限制或使用限制。用户需自行参考 BioProject 记录中的原始描述及关联数据页面以获取更多信息。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用条款。用户应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关政策，并参考项目原始发布信息进行引用。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA659491
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们报告了805份血小板样本的RNA测序数据，其中包括来自胶质母细胞瘤患者的240份肿瘤教育血小板(TEP)样本和来自脑转移患者的126份TEP样本。此外，我们还报告了从353名无症状对照者和86名多发性硬化症个体中分离出的血小板的RNA测序数据。此数据集突显了基于TEP RNA的“液体活检”诊断在胶质母细胞瘤检测及（伪）进展监测中的能力。总体设计：采用标准离心法，在含EDTA抗凝剂的紫色盖BD Vacutainers中从全血中分离出血小板。从血小板沉淀中提取总RNA，进行cDNA合成和SMARTer扩增，通过Covaris剪切片段化，并使用Truseq Nano DNA样本制备试剂盒准备测序。随后，将混合样本文库在Illumina Hiseq 2500或4000平台上进行测序。所有步骤均使用Bioanalyzer 2100，配合RNA 6000 Picochip、DNA 7500和DNA高灵敏度芯片测量进行质量控制。
为进一步下游分析，使用Trimmomatic对读段进行质量控制，利用STAR比对到人类参考基因组，并采用HTseq汇总跨内含子读段。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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