基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA647809：胶质母细胞瘤患者新辅助PD-1阻断诱导的细胞与转录免疫反应

PRJNA647809 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的肿瘤研究项目，全称为“Cellular and transcriptional immune responses induced by neoadjuvant PD-1 blockade in glioblastoma patients”，即胶质母细胞瘤患者接受新辅助 PD-1 阻断后诱导的细胞与转录免疫反应。该数据集归属于肿瘤 / 脑肿瘤分类，主题标签为转录组或基因表达，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物数据的记录形式，通常来自单一机构或联合体，为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。该数据集的核心关注点在于胶质母细胞瘤患者在新辅助 PD-1 阻断治疗背景下出现的细胞与转录层面的免疫反应，属于肿瘤免疫治疗与脑肿瘤研究交叉领域的数据资源。

【数据集背景】

该数据集所对应的研究计划聚焦于胶质母细胞瘤患者接受新辅助 PD-1 阻断后所引发的免疫反应。胶质母细胞瘤是脑肿瘤中具有代表性的类型，而新辅助 PD-1 阻断属于免疫治疗策略的一种应用方式。该 BioProject 记录旨在汇集与这一研究计划相关的生物数据，其主题标签指向转录组或基因表达，说明该项目产生的数据涉及基因表达层面的信息。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型。因此，该数据集可被理解为围绕“新辅助 PD-1 阻断在胶质母细胞瘤患者中诱导的细胞与转录免疫反应”这一研究方向所组织的生物数据集合。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。数据集英文名称中提及“Cellular and transcriptional immune responses”，即细胞与转录免疫反应，说明该项目关注细胞层面和转录层面的免疫反应。源站描述提到，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以找到为该项目生成的多种数据类型。除上述信息外，关于具体样本数量、测序平台、表达矩阵、细胞类型组成、差异表达基因列表等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA647809。源站标题显示为“Cellular and transcriptional immune responses indu... (ID 647809) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录通常来自单一组织或联合体，并围绕单一研究计划汇集生物数据。关于样本采集地点、采集时间、患者入组标准、伦理审批信息、具体研究机构名称等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与胶质母细胞瘤、新辅助 PD-1 阻断、肿瘤免疫治疗、细胞免疫反应、转录免疫反应以及基因表达分析相关的研究场景。由于主题标签为转录组或基因表达，该数据集可用于查找与转录组或基因表达相关的生物数据。BioProject 记录的设计目的之一是让用户在一个统一位置找到为同一项目生成的多种数据类型，因此该数据集也可作为检索入口，用于定位与该项目相关的数据资源。关于具体的分析流程、推荐工具、统计方法或验证实验设计，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 访问，项目编号为 PRJNA647809。BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型。关于如何下载数据、使用何种软件处理数据、是否需要申请权限、是否有配套分析脚本或流程说明，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于生物数据项目记录。源站描述说明了 BioProject 的一般性质，即围绕单一研究计划汇集生物数据，并提供统一查找入口。关于该数据集的数据质量评估、完整性、批次效应、样本量、测序深度、覆盖度、重复性、验证程度等具体指标，源站未提供。该数据集的主题标签为转录组或基因表达，但关于数据的具体类型、格式、大小和版本更新情况，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA647809。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用限制、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE154795

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA647809

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤浸润淋巴细胞和巨噬细胞在肿瘤微环境中的分化及效应功能对于有效的抗肿瘤免疫应答至关重要，尽管在脑癌患者中对此的直接证据仍缺乏充分表征。我们采用质谱流式细胞术、单细胞RNA测序和定量多重免疫荧光技术，全面表征了浸润恶性胶质瘤的髓系细胞和T淋巴细胞的表型及单细胞转录组，并确定了在复发性胶质母细胞瘤患者接受新辅助PD-1检查点阻断后这些细胞群体如何变化。髓单核细胞谱系细胞约占免疫细胞浸润的3/4，T淋巴细胞在密度和百分比上是下一个主要免疫细胞亚群，但在新辅助PD-1抗体阻断后，髓系细胞与T细胞的比例显著下降。随后，我们使用单细胞RNA测序全面定义了这些肿瘤中淋巴样和髓样群体的转录谱。

接受新辅助PD-1检查点抑制剂治疗的复发性GBM患者，其具有效应T细胞转录程序的CD8+ T细胞比例更高。效应T细胞群体的增加与干扰素应答型巨噬细胞簇对趋化因子CXCL9和CXCL10的显著上调相关。重要的是，我们还发现，新辅助PD-1阻断与肿瘤微环境中CD8+ T细胞和肿瘤相关巨噬细胞之间细胞相互作用的显著增加相关。总之，这些发现表明，新辅助PD-1阻断可增加效应T细胞浸润和分化，但受到肿瘤相关巨噬细胞适应性抵抗和免疫抑制的阻碍。未来针对这一占主导地位的免疫抑制性髓系细胞群体的治疗策略可能

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别