IDH野生型胶质母细胞瘤基因表达预后特征开发数据集[ATE]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA630493

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景。我们旨在利用能代表胶质母细胞瘤临床试验人群的临床试验数据集，开发一种基于基因表达的异柠檬酸脱氢酶（IDH）野生型胶质母细胞瘤预后特征。结果。在发现阶段的ATE数据集中，有512名患者的NanoString数据可用。弹性网络方法识别出一个由九个基因组成的预后特征（CHEK1、GPR17、IGF2BP3、MGMT、MTHFD1L、PTRH2、SOX11、S100A9和TFRC）。将加权弹性网络评分转换为平均z-score特征后，保留了ATE特征的预后价值。正如预期，该z-score特征在ATE数据集中对总生存期（OS）具有预后意义（P < 0.0001），并在验证队列中同样具有预后意义（AVAglio，P < 0.0001；GLARIUS，P = 0.021；UCLA，P = 0.0037）。在调整基线时MGMT启动子甲基化状态或皮质类固醇使用情况后，该特征仍具有预后意义。在MGMT启动子非甲基化状态的患者中，观察到该特征与神经前体/增殖亚型呈正相关。结论。ATE特征显示出预后价值，并可能有助于对IDH野生型胶质母细胞瘤进行临床试验分层。总体设计：方法。

样本采集自ARTE、TAMIGA、EORTC 26101（统称为“ATE”）、AVAglio和GLARIUS试验中新诊断的IDH野生型胶质母细胞瘤患者，或在UCLA接受治疗的患者。转录谱分析采用NanoString基因表达平台完成。为识别与总生存期（OS）相关的预后基因，我们利用ATE数据集构建了弹性网Cox惩罚回归模型进行发现。为在独立数据集（AVAglio、GLARIUS、UCLA）中进行验证，我们将弹性网筛选出的基因整合为稳健的z-score特征标签，以克服发现队列与验证队列之间基因表达平台的差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。