染色质景观揭示定义胶质母细胞瘤的发育编码转录状态 [RNA-Seq]
该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJNA490436），主题为染色质景观揭示定义胶质母细胞瘤的发育编码转录状态，属于 RNA-Seq 数据
![PRJNA490436: CHROMATIN LANDSCAPES REVEAL DEVELOPMENTALLY ENCODED TRANSCRIPTIONAL STATES THAT DEFINE GLIOBLASTOMA [RNA-Seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/96975.jpg)
基本信息
资源简介
染色质景观揭示定义胶质母细胞瘤的发育编码转录状态 [RNA-Seq]
PRJNA490436 是一个来自 NCBI BioProject 的 RNA-Seq 数据集，其完整英文名称为“CHROMATIN LANDSCAPES REVEAL DEVELOPMENTALLY ENCODED TRANSCRIPTIONAL STATES THAT DEFINE GLIOBLASTOMA [RNA-Seq]”。该数据集围绕染色质景观与胶质母细胞瘤之间的关系展开，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，属于肿瘤 / 脑肿瘤分类。从标题可以看出，该研究关注染色质状态如何揭示由发育过程编码的转录状态，并以此定义胶质母细胞瘤。数据以 RNA-Seq 形式呈现，适合用于转录组与基因表达层面的分析。整体而言，该数据集为研究胶质母细胞瘤中染色质景观与转录状态之间的联系提供了公开可获取的测序数据资源，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据集背景】
该数据集所属的 BioProject 编号为 PRJNA490436，标题指向“染色质景观揭示定义胶质母细胞瘤的发育编码转录状态”。胶质母细胞瘤是脑肿瘤研究中的重要对象，而染色质景观与转录状态之间的关系是理解肿瘤发生发展的重要切入点。该 BioProject 作为一个生物数据的集合，来源于单一机构或联盟发起的单一研究计划，旨在为用户提供一个统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其核心关注点在于转录组或基因表达层面。通过 RNA-Seq 数据，研究者可以探索与染色质景观相关的基因表达特征，进而关联到发育编码的转录状态。
【数据内容】
该数据集属于 RNA-Seq 类型，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。其标题表明数据内容与染色质景观、发育编码的转录状态以及胶质母细胞瘤的定义相关。作为 BioProject 记录的一部分，该数据集提供用户查找该项目所生成的不同数据类型的链接入口。关于具体的样本数量、测序深度、读长、基因表达矩阵或差异表达结果等详细内容，源站未提供。因此，无法进一步描述数据文件的具体格式、大小或包含的基因列表。总体而言，数据内容以 RNA-Seq 为核心，服务于转录组与基因表达分析。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的记录，编号为 PRJNA490436。BioProject 记录本身是生物数据的集合，来源于单一组织或联盟，旨在为不同数据类型提供统一查找入口。关于样本采集的具体地点、时间、受试者信息、伦理审批或实验操作流程等细节，源站未提供。因此，无法说明样本来源、采集方法或测序平台等具体信息。该数据集通过 NCBI BioProject 公开，用户可通过该编号访问相关数据链接。
【适用场景】
该数据集适用于转录组与基因表达相关的研究场景，尤其是围绕胶质母细胞瘤中染色质景观与发育编码转录状态之间关系的分析。主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明其可用于基因表达差异分析、转录状态比较或与染色质景观关联的探索性研究。由于属于肿瘤 / 脑肿瘤分类，该数据集也可能服务于脑肿瘤分子机制的研究。然而，关于具体的适用分析类型、推荐工具或分析流程，源站未提供。因此，使用者需根据自身研究目的判断其适用性。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 编号 PRJNA490436 进行访问。BioProject 记录提供用户一个统一入口，以查找该项目所生成的不同数据类型。关于如何下载数据、使用何种软件处理 RNA-Seq 数据、是否提供预处理流程或分析脚本等具体使用方法，源站未提供。因此，无法给出详细的操作步骤或技术建议。使用者应参考 NCBI BioProject 页面上的链接与说明，结合自身分析需求进行后续处理。
【质量与限制】
关于该数据集的质量指标，如测序质量分数、比对率、重复性、批次效应或数据完整性等，源站未提供。该数据集为 BioProject 记录，其描述强调提供统一查找入口，但未说明数据质量控制的具体措施。限制方面，由于缺乏样本数量、实验设计、测序平台及数据处理细节，使用者难以直接评估其适用性与可靠性。此外，该数据集仅涉及 RNA-Seq，未涵盖其他数据类型，可能限制多组学整合分析。源站未提供关于数据限制的进一步说明。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。使用者应参考 NCBI BioProject 页面上的相关说明，并遵循 NCBI 的通用使用政策。由于源站未提供具体引用格式或许可细节，无法在此给出明确的引用要求或授权范围。建议在使用前查阅 NCBI 官方网站的相关政策。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA490436
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
胶质母细胞瘤是一种无法治愈的脑癌，其特征是高度的遗传和病理异质性。在此，我们通过绘制44个胶质母细胞瘤干细胞（GSC）模型、50个原发性胶质母细胞瘤和10个神经干细胞（NSC）的活性染色质景观，并结合基因表达、全外显子组、拷贝数谱和DNA甲基化组，旨在识别必需的超级增强子（SE）相关基因以及建立这些基因和胶质母细胞瘤身份的核心转录因子。胶质母细胞瘤分为两种主要的增强子谱，它们利用独特的发育转录因子调控程序来强化肿瘤身份。从组特异性增强子谱中，我们推断出定义亚组身份的核心转录因子。这些转录因子在胶质母细胞瘤中比在正常神经干细胞中表现出更高的活性，与不良临床结果相关，并且是胶质母细胞瘤体外和体内生长所必需的。鉴于胶质母细胞瘤基因定义靶向治疗的挑战，我们提出靶向潜在的转录身份可能是一种重要的治疗策略。
总体设计：数据集包含从胶质母细胞瘤原发组织或胶质母细胞瘤干细胞模型中分离的总RNA，以及基因表达特征分析。对于原发GBM样本，我们共有50个GBM样本，其中46个具有H3k27ac ChIPseq数据，45个具有RNAseq数据，39个具有甲基化数据（GBM74有重复数据）。对于胶质母细胞瘤干细胞样本，我们共有44个GSC样本，其中43个具有H3k27ac ChIPseq数据，44个具有RNAseq数据，41个具有甲基化数据。对于神经干细胞样本，我们共有10个NSC样本，其中9个具有H3k27ac ChIPseq数据，9个具有RNAseq数据，9个具有甲基化数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
