PRJNA384285：胶质母细胞瘤化疗诱导RNA互作组图谱[RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA384285

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

长链非编码RNA（lncRNAs）在转录及表观遗传驱动的细胞多样化中日益被视为重要参与者。迄今为止，lncRNA在更为动态的转录重编程，即药物反应中的作用，很大程度上仍未被探索。在此，我们研究了胶质母细胞瘤——最具侵袭性和临床难治性的脑癌——中化疗诱导的调控网络。我们对胶质母细胞瘤干细胞样细胞对烷化剂替莫唑胺（TMZ）的细胞及转录反应进行了详细表征。我们发现，除mRNA外，TMZ还影响大量非编码RNA（miRNA、snoRNA、lncRNA）的表达。我们的全局转录组分析全面描绘了涉及转录因子、mRNA、miRNA和lncRNA的调控网络。为了分析这些 largely 未知RNA分子的推定功能，我们开发了一套流程，整合来自多个公共数据库及我们自身实验的小RNA和大RNA测序数据。这导致了胶质母细胞瘤RNA相互作用组的鉴定，并使我们能够定义由lncRNA介导的调控环路。

我们确定了22个参与转录调控基序的关键lncRNA，以及3个与患者预后相关的lncRNA，这些lncRNA独立于其他已知的反应预测因子。对胶质母细胞瘤中TMZ诱导的分子网络的研究揭示了基于编码和非编码RNA的胶质母细胞瘤化疗耐药性的新预测因子，以及对抗这种耐药性的潜在靶点。总体设计：在TMZ处理或载体对照下，对3个GBM干细胞样细胞和神经干细胞进行RNA和小RNA谱分析，每组设三个重复。本系列代表RNA谱分析数据集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。