基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

神经与胶质瘤干细胞静息状态共享分子调控及治疗脆弱性

PRJNA1537818 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目，其英文全称为“Shared molecular regulation of quiescence in neural and glioma stem cells reveals therapeutic vulnerabilities”，中文可理解为“神经干细胞与胶质瘤干细胞静息状态的共享分子调控机制揭示治疗脆弱性”。该项目聚焦于神经干细胞与胶质瘤干细胞在静息状态下的分子调控共性，并试图由此发现潜在的治疗靶点。从分类上看，它属于肿瘤领域下的脑肿瘤方向，主题标签为转录组或基因表达。该数据集为研究者提供了一个集中获取与该项目相关生物数据的入口，有助于围绕干细胞静息调控与胶质瘤治疗脆弱性开展进一步分析。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1537818。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据。根据源站描述，一个 BioProject 记录通常对应来自单一机构或联合体的一个研究倡议，并为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一入口。本项目标题明确指向神经干细胞与胶质瘤干细胞静息状态的共享分子调控机制，并强调这种调控机制可能揭示治疗上的脆弱性。因此，该数据集所处的背景是脑肿瘤尤其是胶质瘤相关的基础研究，关注干细胞静息状态这一生物学过程在正常神经干细胞与肿瘤干细胞之间的共性。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。项目标题涉及神经干细胞和胶质瘤干细胞的静息状态调控，因此可以理解为其数据可能围绕这两类细胞在静息状态下的基因表达特征展开。不过，关于具体样本数量、测序平台、数据文件类型、基因列表或差异表达结果等细节，源站未提供。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤，说明其应用领域与脑肿瘤研究直接相关。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体收录于 NCBI BioProject 数据库，项目 ID 为 1537818。源站标题显示为“Shared molecular regulation of quiescence in neura... (ID 1537818) - BioProject - NCBI”。根据 BioProject 的一般定义，该项目记录汇集了与单一研究倡议相关的生物数据，这些数据可能来自一个组织或一个联合体。关于样本采集的具体方法、实验设计、伦理审批信息、采集地点和时间等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与神经干细胞、胶质瘤干细胞、静息状态调控以及脑肿瘤治疗脆弱性相关的研究场景。由于主题标签为转录组或基因表达，它可能被用于分析基因表达差异、探索静息状态的分子机制、比较神经干细胞与胶质瘤干细胞之间的共享调控通路，或为识别潜在治疗靶点提供数据支持。此外，该数据集也可作为 BioProject 资源，帮助研究者定位与该项目相关的其他数据类型。但具体适用的分析类型和实验验证场景，需结合源站提供的实际数据内容判断，源站未提供进一步说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目 ID 1537818 或标题关键词进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录通常提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此获取相关数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或处理流程，源站未提供。因此，使用方法仅能基于 BioProject 的一般功能进行描述，即通过统一入口查找和链接到该项目相关的生物数据。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库收录的研究项目记录。其质量与限制取决于原始研究的数据生成和提交过程，但源站未提供关于数据质量评估、覆盖度、完整性或技术偏差的具体信息。此外，该数据集的主题标签为转录组或基因表达，但具体数据是否包含原始测序读段、表达矩阵或仅包含元数据，源站未提供。用户在使用时应注意，BioProject 记录本身主要是项目层面的描述和链接入口，不一定直接包含所有分析结果。关于样本量、重复数、对照设置等可能影响结论可靠性的因素，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或版权信息，源站未提供。用户如需引用或使用该数据集，应访问 NCBI BioProject 项目页面，查看源站是否提供具体的引用指南和许可声明。在缺乏明确许可信息的情况下，建议遵循 NCBI 通用使用条款及相关数据共享政策。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE349283

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1537818

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

静息状态的胶质瘤细胞通过重新激活并重新填充肿瘤，从而逃避放化疗并驱动胶质母细胞瘤复发，但由于其稀少且在体外难以维持静息状态，因此难以研究。我们假设，神经干细胞与胶质瘤细胞之间保守的静息程序可被利用来将胶质瘤细胞锁定在静息状态并防止其重新激活。利用单细胞RNA测序和患者来源的胶质瘤干细胞系，我们发现，尽管胶质瘤细胞抗拒进入深度静息状态，但它们与神经干细胞共享保守的激活轨迹。由于这种保守性使一种易于处理的神经祖细胞系能够作为稀有静息胶质瘤细胞的替代物，我们在超过3，000种化合物中查询了LINCS L1000特征，并验证了排名最靠前的几类化合物（mTOR、ATP酶和组蛋白赖氨酸甲基转移酶抑制剂）在胶质瘤干细胞系中作为静息促进剂的作用。通过建立保守的激活程序并实现跨细胞类型筛选，我们的工作提供了一种驱动治疗抵抗性胶质瘤细胞进入静息状态的策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别