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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1453240：人源化小鼠模型中胶质母细胞瘤免疫环境探索

PRJNA1453240 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目，其英文名称为“Exploring the immune environment of glioblastoma in humanized mouse models”，中文可译为“在人源化小鼠模型中探索胶质母细胞瘤的免疫环境”。该项目围绕胶质母细胞瘤这一脑肿瘤类型展开，重点在于利用人源化小鼠模型研究肿瘤所处的免疫环境。从主题标签来看，项目涉及转录组或基因表达方向，意味着其产生的数据可能与基因表达谱相关。该数据集在分类上归属于肿瘤与脑肿瘤研究方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1453240。整体而言，这是一个以脑肿瘤免疫微环境为研究核心、依托人源化小鼠模型、并可能产出转录组或基因表达数据的生物研究项目记录。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是中枢神经系统中具有高度侵袭性的肿瘤类型，其免疫环境的研究对于理解肿瘤发生、发展以及治疗响应具有重要意义。人源化小鼠模型是一种将人类细胞或组织移植到免疫缺陷小鼠体内以重建人类免疫系统的实验模型，常被用于研究人类肿瘤与免疫系统之间的相互作用。本项目正是基于这一模型体系，探索胶质母细胞瘤的免疫环境。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其研究手段或数据产出可能涉及转录组或基因表达层面的分析。项目归属于肿瘤与脑肿瘤研究方向，源站为 NCBI BioProject，项目 ID 为 1453240。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容与转录组或基因表达相关。项目英文名称明确指出研究内容为在人源化小鼠模型中探索胶质母细胞瘤的免疫环境，因此数据可能围绕该模型下胶质母细胞瘤的基因表达特征或免疫相关转录信息展开。关于具体的样本数量、测序平台、数据文件类型、基因列表或表达矩阵等详细内容，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目 ID 为 1453240。BioProject 是 NCBI 提供的一项资源，用于汇集与某一特定研究计划相关的生物数据，这些数据可能来自单一组织或联盟。一个 BioProject 记录为用户提供单一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。关于本项目的具体采集方法、实验设计、样本来源、伦理审批信息或数据提交机构等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤学与脑肿瘤研究领域，尤其是针对胶质母细胞瘤免疫环境的研究。由于涉及人源化小鼠模型，它可能适用于探讨人类免疫系统与胶质母细胞瘤相互作用的实验场景。主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明，该数据可用于基因表达分析、转录组水平的研究，或作为相关研究中的参考数据。此外，该数据集也可用于生物信息学分析、数据挖掘或作为脑肿瘤免疫研究领域的辅助资源。关于具体的适用分析流程或推荐应用方向，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目 ID 为 1453240。用户可在 NCBI BioProject 页面中查找该项目的记录，并获取其关联的数据链接。BioProject 记录本身提供指向该项目所产生各类数据的入口，用户可据此进一步获取转录组或基因表达相关数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具或使用协议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源。关于该项目的质量控制指标、数据完整性、样本量、测序深度、覆盖度或验证情况，源站未提供。此外，关于该数据集是否存在已知偏差、技术限制或使用约束，源站未提供。用户在使用时应参考源站记录中的相关说明，并结合自身研究需求进行评估。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议或使用条款，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI BioProject 及来源站点的通用引用与使用规范，并建议直接查阅源站记录以获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327941

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1453240

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤（GBM）是成人中最致命的原发性脑肿瘤，而治疗开发进展受阻，原因在于缺乏能够忠实再现人肿瘤细胞与人免疫细胞之间相互作用的临床前模型，尤其是在治疗耐药性疾病中。为解决这一局限，我们建立了一种GBM人源化小鼠模型，使用辐射 resistant 的患者来源异种移植瘤（PDXs）植入免疫缺陷小鼠，这些小鼠已用来源于脐带血的人造血干祖细胞重建。为进行单细胞RNA测序，从携带EGFP阳性JX14P-RT肿瘤的人源化NOG-EXL小鼠中收集了外周血（PB）、肿瘤浸润免疫细胞（TILs）和肿瘤细胞。还将同一JX14P-RT模型的肿瘤细胞植入非人源化naive NOG-EXL小鼠并进行分析以作比较。从肿瘤组织制备单细胞悬液，并通过细胞分选分离CD45阳性免疫细胞和EGFP阳性肿瘤细胞。外周血中的人CD45阳性细胞被单独纯化。

该数据集包括来自人源化小鼠的3份TIL样本、3份PB样本、3份肿瘤细胞样本，以及来自幼稚小鼠的2份肿瘤细胞样本。各样本用hashtag寡核苷酸抗体标记后混合，随后按TIL、PB和肿瘤组分区分别分析。文库使用10x Genomics Chromium Single Cell 3’平台构建，并在Illumina NovaSeq 6000上测序。数据显示多种人类免疫细胞群浸润，包括T细胞、自然杀伤细胞和髓系谱系细胞，并支持该模型用于研究复发性和治疗耐药性GBM免疫微环境的实用性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别