基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

IDH突变型1p/19q共缺失少突胶质瘤小鼠模型

本数据集围绕 IDH 突变型、1p/19q 共缺失型少突胶质瘤的小鼠建模研究展开，属于肿瘤与脑肿瘤领域。其英文名称为 PRJNA1448058: Murine modeling of IDH-mutant 1p/19q-codeleted oligodendroglioma reveals genotype-specific phenotypes [sample_049-60]，源站标题为 Murine modeling of IDH-mutant 1p/19q-codeleted oli... (ID 1448058) - BioProject - NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集的分类标签为肿瘤 / 脑肿瘤，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其数据聚焦于转录组或基因表达层面。整体来看，该数据集可用于研究该基因型特异性表型，帮助理解 IDH 突变与 1p/19q 共缺失在少突胶质瘤发生发展中的作用，为相关基础研究提供数据支撑。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起而汇集的一组生物学数据，其记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集对应的项目聚焦于 IDH 突变型、1p/19q 共缺失型少突胶质瘤的小鼠建模，旨在通过动物模型揭示基因型特异性表型。少突胶质瘤是脑肿瘤的一种，IDH 突变与 1p/19q 共缺失是其重要的分子特征，而该数据集正是围绕这一分子背景下的建模研究进行组织，因此具有明确的疾病模型与分子机制研究指向。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容主要涉及转录组或基因表达层面的数据。数据集名称中包含 [sample_049-60]，提示该记录可能对应特定样本范围或样本编号区段。源站描述仅对 BioProject 的性质作出通用说明，即它是一个汇集与单一研究计划相关生物学数据的集合，并提供查找多种数据类型的统一入口，但未进一步列出该数据集内具体包含哪些样本、测序平台、表达矩阵或分析结果。因此，关于数据内容的具体构成，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 记录，编号为 1448058。其英文名称显示该研究涉及小鼠建模，研究对象为 IDH 突变型、1p/19q 共缺失型少突胶质瘤。源站描述说明 BioProject 记录来自单一组织或联盟，并汇集与单一研究计划相关的生物学数据。除上述来源与项目归属信息外，关于样本采集方式、建模方法、测序或表达检测的具体流程，源站未提供。

【适用场景】

根据主题标签与侧写线索，该数据集适用于转录组或基因表达层面的研究，可用于探索该基因型特异性表型，并帮助理解 IDH 突变与 1p/19q 共缺失在少突胶质瘤发生发展中的作用。其潜在应用方向包括脑肿瘤分子机制研究、基因型与表型关联分析，以及基于小鼠模型的少突胶质瘤相关转录组研究。由于数据聚焦于特定基因型背景，适合用于比较或机制探索类研究，但具体分析场景需结合源站提供的实际数据内容确定。

【使用方法】

该数据集托管于 NCBI BioProject，用户可通过 BioProject 记录查找与该项目相关的多种数据类型。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供单一入口，以便定位由该研究计划产生的不同数据。关于下载方式、数据格式、分析工具或具体操作步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库记录。源站描述仅说明 BioProject 的通用组织方式，未提供该数据集的质量评估、样本量、测序深度、覆盖度或验证信息。数据集名称中的 [sample_049-60] 可能指示样本范围，但其具体含义与完整性需以源站记录为准。关于数据质量指标与使用限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，编号为 1448058。关于引用方式、许可条款或使用协议，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE326991

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1448058

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

少突胶质细胞瘤是一种原发性中枢神经系统肿瘤，根据异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变和1p/19q共缺失进行分类。在此，我们描述了利用子宫内电穿孔技术生成IDH突变型1p/19q共缺失少突胶质细胞瘤小鼠模型的方法。我们确定了IDH1R132H、PIK3CAE545K、CicKO、Fubp1KO和Cdkn2aKO为最佳组合（称为OligoCdkn2a），能够驱动完全外显的肿瘤，其组织学特征类似于人类II/III级IDH突变型、1p/19q共缺失少突胶质细胞瘤。在该小鼠模型中，用Trp53缺失替代Cdkn2a使肿瘤组织学转向高级别星形细胞瘤。OligoCdkn2a肿瘤显示出与IDH和CIC突变相关的代谢和转录变化，单细胞测序鉴定出与IDH野生型胶质母细胞瘤小鼠模型相比，其偏向于少突胶质细胞分化。OligoCdkn2a肿瘤代表了首个重现人类IDH突变型1p/19q共缺失少突胶质细胞瘤遗传、组织学和转录特征的小鼠模型系统，为进一步剖析肿瘤生物学和测试新的治疗策略提供了一个平台。

总体设计：对三种遗传学上不同的脑肿瘤模型的肿瘤终点组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）：本库中包含：少突胶质细胞瘤Cdkn2a（n=2）、少突胶质细胞瘤Trp53（n=4）和IDH野生型胶质母细胞瘤（IDHWT GBM）（n=4）。数据集中还包括两个未在本研究中分析的其他正常脑（皮层）样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别