跨物种转录组整合揭示胶质瘤中MIRO1介导的保守巨噬细胞向T细胞信号轴驱动免疫抑制

该数据集为小鼠胶质瘤经MIRO1结合化合物或对照体内处理后的单核RNA测序数据，涵盖恶性肿瘤细胞及巨噬细胞、小胶质细胞和T细胞等基质与免疫群体，可用于在单细胞分辨率下分析治疗相关的转录变化，研究线粒体相关转录调控与免疫微环境重塑（来源 ncbi.nlm.nih.gov）

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时间序列分类Transcriptome or Gene expression

PRJNA1435645: Cross-Species Transcriptomic Integration Reveals a Conserved, MIRO1-Mediated Macrophage-to-T Cell Signaling Axis Driving Immunosuppression in Glioma [snRNA-Seq]

基本信息

模态

时间序列

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

跨物种转录组整合揭示胶质瘤中MIRO1介导的保守巨噬细胞向T细胞信号轴驱动免疫抑制

PRJNA1435645 数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于肿瘤 / 脑肿瘤分类，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。该数据集为小鼠胶质瘤经 MIRO1 结合化合物或对照体内处理后的单核RNA测序数据，涵盖恶性肿瘤细胞及巨噬细胞、小胶质细胞和T细胞等基质与免疫群体，可用于在单细胞分辨率下分析治疗相关的转录变化，研究线粒体相关转录调控与免疫微环境重塑。

【数据集背景】

该数据集围绕胶质瘤免疫抑制机制研究而生成。研究者关注跨物种转录组整合所揭示的由 MIRO1 介导的巨噬细胞到T细胞信号轴，该信号轴被认为驱动胶质瘤中的免疫抑制。为在体内条件下考察线粒体相关转录调控与免疫微环境重塑，研究采用 MIRO1 结合化合物处理小鼠胶质瘤，并以对照处理作比较，通过单核RNA测序刻画肿瘤微环境内不同细胞类型的基因表达程序。数据集标题明确标注为 snRNA-Seq，表明其技术路线为单核转录组 profiling，而非单细胞悬液测序。

【数据内容】

数据来自小鼠胶质瘤组织，经体内处理后在单核水平进行高通量转录组分析。样本涵盖恶性肿瘤细胞以及多种基质与免疫群体，包括巨噬细胞、小胶质细胞和T细胞，能够支持在单细胞分辨率下分析治疗相关的转录变化。整体设计为对原位 GL261-Luc 小鼠胶质瘤组织经颅内给予 10 μM MIR 处理后的分离细胞核进行单核RNA测序。源站描述还指出，该数据为研究线粒体相关转录调控与免疫微环境重塑提供了资源。除上述细胞群体与处理信息外，源站未提供具体的细胞数量、测序深度、基因数目等指标。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本为小鼠胶质瘤组织，处理方式为体内给予 MIRO1 结合化合物或载体对照，其中整体设计部分明确提到颅内治疗使用 10 μM MIR。组织经解离后进行细胞核分离，随后开展高通量转录组 profiling，以表征肿瘤微环境中的细胞类型特异性基因表达程序。源站未提供更详细的采样时间点、动物数量、测序平台型号与试剂批次等信息。

【适用场景】

该数据集适用于在单细胞分辨率下分析胶质瘤治疗相关的转录变化，尤其是比较 MIRO1 结合化合物处理与对照之间的差异。由于数据覆盖恶性肿瘤细胞、巨噬细胞、小胶质细胞和T细胞等群体，可用于考察肿瘤微环境中免疫与基质群体的表达程序变化，并服务于线粒体相关转录调控与免疫微环境重塑的研究方向。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，适合转录组与基因表达分析类研究使用。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明，包括数据处理流程、标准化步骤、分析工具与参数设置等。使用者需依据单核RNA测序数据的通用分析惯例自行设计分析方案，但该数据集本身的分析操作细节源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供质量评估指标、批次信息、重复数或数据完整性说明。该数据为小鼠胶质瘤模型数据，源站描述限定于 GL261-Luc 原位模型与特定处理条件，向其他模型或人群的外推需谨慎。除源站描述所提及的细胞群体与处理信息外，关于数据质量与局限性的具体内容源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可条款信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324504

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1435645

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们从小鼠胶质瘤中生成了单核RNA测序（snRNA-seq）数据，这些胶质瘤在体内接受了MIRO1结合化合物或溶媒对照处理。肿瘤被解离并处理以进行细胞核分离，随后进行高通量转录组分析，以表征肿瘤微环境（TME）内细胞类型特异性的基因表达程序。该数据集捕获了恶性细胞以及多种基质和免疫细胞群体，包括巨噬细胞、小胶质细胞和T细胞，使得能够在单细胞分辨率下分析治疗相关的转录变化。这些数据为研究小鼠胶质瘤中线粒体相关的转录调控和免疫微环境重塑提供了资源。总体设计：在植入后第11天和第18天，对原位GL261-Luc小鼠胶质瘤组织进行颅内注射10 μM MIRO1结合化合物（MR3）或溶媒对照（DMSO）处理后，分离细胞核进行单核RNA-seq分析，并于第22天收集组织进行转录组分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别