跨物种转录组整合揭示MIRO1介导的保守巨噬细胞至T细胞信号轴驱动胶质瘤免疫抑制
该数据集为来自ncbi.nlm.nih.gov的人类胶质瘤手术切除标本经体外MIRO1结合化合物MR3或对照处理的bulk RNA-seq数据，涵盖肿瘤组织全局转录程序，反映恶性细胞及基质和免疫成分的贡献
![PRJNA1432038: Cross-Species Transcriptomic Integration Reveals a Conserved, MIRO1-Mediated Macrophage-to-T Cell Signaling Axis Driving Immunosuppression in Glioma [RNA-Seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/139825.jpg)
基本信息
资源简介
跨物种转录组整合揭示MIRO1介导的保守巨噬细胞至T细胞信号轴驱动胶质瘤免疫抑制
PRJNA1432038 是一项聚焦人类胶质瘤免疫抑制机制的转录组数据集，英文全称为 Cross-Species Transcriptomic Integration Reveals a Conserved, MIRO1-Mediated Macrophage-to-T Cell Signaling Axis Driving Immunosuppression in Glioma [RNA-Seq]，在站内归入肿瘤 / 脑肿瘤分类，数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集通过对人类胶质瘤手术切除标本进行体外 MIRO1 结合化合物 MR3 或对照处理，并开展 bulk RNA-seq 测序，系统刻画治疗相关的基因表达变化。数据覆盖肿瘤组织的全局转录程序，既包含恶性细胞的转录贡献，也反映切除标本中基质与免疫成分的表达信息，可用于分析人胶质瘤中 MIRO1 依赖的转录调控，并支持与小鼠单核 RNA-seq 数据的跨物种整合研究。
【数据集背景】
胶质瘤是脑肿瘤研究中的重要对象，其肿瘤微环境（TME）中的免疫抑制机制是理解疾病进展与治疗响应的重要环节。该数据集围绕 MIRO1 介导的巨噬细胞—T 细胞信号轴展开，旨在从转录组层面揭示这一信号轴在胶质瘤免疫抑制中的作用。源站描述指出，该资源支持对线粒体相关转录程序及其对免疫微环境影响的研究，并通过跨物种整合与小鼠单核 RNA-seq 数据形成对照分析框架。
【数据内容】
数据集类型为 bulk RNA-seq，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。测序对象为经体外处理的人胶质瘤手术切除标本，处理条件包括 MIRO1 结合化合物 MR3 与载体对照。数据捕获的是肿瘤组织的全局转录程序，反映恶性细胞以及切除标本中存在的基质和免疫成分的共同贡献，因而可用于表征治疗相关的基因表达变化，并分析 MIRO1 依赖的转录调控。
【采集与来源】
样本来自人类胶质瘤手术切除标本，新鲜肿瘤标本在受控条件下经过处理与培养，随后进行 RNA 提取和高通量转录组测序。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集编号为 PRJNA1432038。源站未提供具体的样本数量、测序平台、测序深度及培养条件的详细参数。
【适用场景】
该数据集适用于研究人胶质瘤肿瘤微环境中的转录组变化，特别是 MIRO1 依赖的基因表达调控；可用于比较 MR3 处理与对照条件下的全局转录程序差异，分析线粒体相关转录程序对免疫微环境的影响，并支持与小鼠单核 RNA-seq 数据集进行跨物种整合，以探讨巨噬细胞—T 细胞信号轴的保守性及其在胶质瘤免疫抑制中的作用。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。根据数据性质，使用者可围绕处理组与对照组的转录组差异开展表达分析，并结合跨物种整合策略与小鼠单核 RNA-seq 数据进行联合分析；具体分析流程与参数需参考源站记录。
【质量与限制】
源站未提供质控指标、批次信息或技术验证细节。由于数据为 bulk RNA-seq，转录信号来自恶性细胞、基质和免疫细胞的混合贡献，单类细胞层面的推断需谨慎；跨物种整合分析的具体方法学限制源站亦未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1432038
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们从经MIRO1结合化合物（MR3）或溶剂对照离体处理的人脑胶质瘤手术切除标本中生成了bulk RNA测序（RNA-seq）数据。新鲜肿瘤标本在受控条件下进行处理和培养，随后进行RNA提取和高通量转录组分析，以表征肿瘤微环境（TME）中与治疗相关的基因表达变化。该数据集捕获了肿瘤组织的全局转录程序，反映了切除标本中恶性细胞以及基质和免疫成分的贡献。这些数据可用于分析人脑胶质瘤中MIRO1依赖的转录调控，并促进与小鼠单核RNA-seq数据集的跨物种整合。该资源支持研究线粒体相关转录程序及其对人脑胶质瘤免疫微环境重塑的影响。总体设计：对人脑胶质瘤肿瘤核心标本进行bulk RNA-seq分析，标本经10 μM MIRO1结合化合物（MR3）或溶剂对照（DMSO）离体处理24小时，收集速冻组织用于转录组分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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