遗传性嗜铬细胞瘤与副神经节瘤的microRNA表达谱分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA141171

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

嗜铬细胞瘤（PCC）和副神经节瘤（PGL）是起源于神经嵴的罕见神经内分泌肿瘤。它们可作为多种综合征的组成部分，其mRNA表达谱取决于遗传背景，但有关临床行为乃至主要发生部位的问题仍未得到解答。微小RNA（microRNA）通过翻译抑制、mRNA降解或两者兼有的方式作为靶基因的关键调控因子，因此可能有助于解决上述部分问题。为确定microRNA在PCC/PGL肿瘤发生与进展中所起的作用，并鉴定与目前已知不同PCC/PGL遗传类别特异性相关的microRNA生物标志物，我们通过微阵列分析，对一大系列携带SDHD、SDHB、VHL、RET、NF1和TMEM127基因胚系突变的冷冻肿瘤样本进行了microRNA表达谱分析。我们鉴定出了PCC/PGL各遗传类别特异性的以及共有的microRNA特征，并在一个独立的福尔马林固定石蜡包埋PCC/PGL样本系列中，通过qRT-PCR对最佳候选microRNA（miR-122、miR-126*、miR-129*、miR-133b、miR-137、miR-183、miR-210、miR-382、miR-488、miR-885-5p和miR-96）进行了验证。

MicroRNA-137、-96/183和-143/145在PCC/PGLs中的表达与肿瘤细胞的分化状态呈负相关。MicroRNA-210、-382和-380可调节VHL缺陷型PCC/PGL中的假性缺氧细胞反应。MicroRNA-193b、-365和-424在所有遗传类别中普遍下调，提示它们参与细胞周期调控和分化。在此，我们证明PCC/PGLs根据其潜在的原发突变具有不同的microRNA谱，提示它们可作为特异性生物标志物，并为这些肿瘤的病因学提供信息。总体设计：本研究采用Agilent-019118 Human miRNA Microarray 2.0 G4470B（标记试剂盒：Agilent miRNA labeling reagent and Hybridization Kit，货号5190-0408）进行microRNA表达谱分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。