胶质瘤小鼠肿瘤相关巨噬细胞的bulk RNA-seq(花生四烯酸或玉米油处理)

该数据集为接受花生四烯酸或玉米油处理的胶质瘤荷瘤小鼠肿瘤浸润巨噬细胞的bulk RNA-seq表达谱,来源于NCBI。数据覆盖胶质瘤肿瘤微环境中巨噬细胞的转录变化,并提供差异表达基因与功能富集分析结果,可用于研究胶质瘤中免疫细胞调控与代谢通路,探索巨噬细胞介导的肿瘤生物学机制(来源 ncbi.nlm

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基因组回归Transcriptome or Gene expression
PRJNA1330289: Bulk RNA-seq of tumor-associated macrophages from glioma-bearing mice treated with arachidonic acid or corn oil

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

胶质瘤小鼠肿瘤相关巨噬细胞的bulk RNA-seq(花生四烯酸或玉米油处理)

PRJNA1330289 是一个来源于 NCBI 的转录组数据集,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,本站归类于肿瘤 / 脑肿瘤方向。该数据集提供接受花生四烯酸或玉米油处理的胶质瘤荷瘤小鼠肿瘤浸润巨噬细胞的 bulk RNA-seq 表达谱,旨在捕捉与胶质瘤肿瘤微环境相关的转录变化。数据同时包含差异表达基因与功能富集分析结果,可作为研究胶质瘤中免疫细胞调控与代谢通路的资源,支持对巨噬细胞介导的肿瘤生物学机制的探索。

【数据集背景】

胶质瘤是脑肿瘤研究中的重要对象,其肿瘤微环境中的免疫细胞组成与状态对肿瘤生物学行为具有关键影响。肿瘤相关巨噬细胞是肿瘤浸润免疫细胞的重要群体,其在胶质瘤微环境中的转录特征与功能状态是理解免疫调控机制的重要切入点。该数据集以胶质瘤荷瘤小鼠为模型,对肿瘤浸润巨噬细胞进行 bulk RNA-seq 分析,并设置花生四烯酸处理与玉米油处理两种条件,用于观察与处理相关的巨噬细胞转录变化。源站描述指出,该数据集聚焦于胶质瘤肿瘤微环境中巨噬细胞的转录变化,为研究免疫细胞调控与代谢通路提供数据基础。

【数据内容】

该数据集的核心内容是胶质瘤荷瘤小鼠肿瘤浸润巨噬细胞的 bulk RNA-seq 表达谱,样本来自接受花生四烯酸或玉米油处理的小鼠。数据覆盖胶质瘤肿瘤微环境中巨噬细胞的转录变化,并包含差异表达基因与功能富集分析结果。主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明数据属于转录组或基因表达范畴。关于样本数量、测序平台、读长、比对参考基因组版本、差异表达分析的具体阈值与富集分析所用数据库等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名为“PRJNA1330289: Bulk RNA-seq of tumor-associated macrophages from glioma-bearing mice treated with arachidonic acid or corn oil”。源站描述说明,该数据集提供小鼠肿瘤浸润巨噬细胞的 bulk RNA-seq profiles,用于捕捉与胶质瘤肿瘤微环境相关的转录变化。关于具体的动物品系、胶质瘤模型构建方式、处理剂量与时长、巨噬细胞分选策略、RNA 提取与建库方法、测序仪器型号等实验与测序细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究胶质瘤肿瘤微环境中巨噬细胞的转录特征,比较花生四烯酸处理与玉米油处理条件下肿瘤浸润巨噬细胞的基因表达差异。基于差异表达基因与功能富集分析结果,可用于探索胶质瘤中免疫细胞调控与代谢通路,支持巨噬细胞介导的肿瘤生物学机制研究。主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明其适用于基因表达与转录组层面的分析场景。关于该数据集是否适用于其他物种、其他肿瘤类型或其他处理条件的推断性用途,源站未提供。

【使用方法】

该数据集为 bulk RNA-seq 表达谱,并附带差异表达基因与功能富集分析结果,使用时可围绕表达矩阵开展差异表达分析、功能富集分析以及免疫细胞调控与代谢通路相关的解读。由于源站未提供样本数量、测序平台、分析流程与参数等具体信息,实际使用时应以源站提供的原始数据与分析结果为准。关于数据下载方式、文件组织格式与配套分析代码,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为小鼠来源的 bulk RNA-seq 数据,反映的是肿瘤浸润巨噬细胞群体的整体转录特征,而非单细胞分辨率信息。源站描述未提供样本量、重复数、测序深度、数据质控指标与差异表达分析阈值等信息,相关质量评估细节源站未提供。使用时应结合源站提供的原始数据与分析结果进行判断。关于数据的批次效应、生物学重复一致性以及处理效应的具体统计结果,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,数据集标识为 PRJNA1330289。关于引用方式、作者信息、发表文献与数据使用许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1330289

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集提供了来源于小鼠的肿瘤浸润性巨噬细胞的 bulk RNA-seq 图谱,捕获了与胶质瘤肿瘤微环境相关的转录变化。差异表达基因和功能富集分析为研究胶质瘤中的免疫细胞调控和代谢通路提供了资源,有助于探索肿瘤生物学中巨噬细胞介导的机制。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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