SR-4835抑制GBM12细胞系CDK12的转录组数据
该数据集包含人胶质母细胞瘤细胞系GBM12经选择性CDK12抑制剂SR-4835或溶剂对照处理24小时后的转录组表达谱，基于RNA测序获得
基本信息
资源简介
SR-4835抑制GBM12细胞系CDK12的转录组数据
PRJNA1309139 数据集收录了人胶质母细胞瘤细胞系 GBM12 在选择性 CDK12 抑制剂 SR-4835 处理条件下的转录组测序数据。研究以 SR-4835 与溶剂对照（DMSO）分别处理 GBM12 细胞 24 小时，提取总 RNA 后进行 RNA 测序，通过比较两组的基因表达谱，刻画 CDK12 抑制所引发的转录组变化。该数据集属于肿瘤/脑肿瘤分类，主题标签为转录组或基因表达，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，可为胶质母细胞瘤中 CDK12 功能研究及 SR-4835 作用机制探索提供表达层面的数据基础。
【数据集背景】
胶质母细胞瘤是中枢神经系统常见的恶性肿瘤，其分子特征与治疗响应研究一直是神经肿瘤领域的重点方向。CDK12 作为细胞周期相关激酶，在转录调控和基因表达维持中具有重要作用，选择性抑制 CDK12 可能改变肿瘤细胞的转录程序。SR-4835 是一种选择性 CDK12 抑制剂，本数据集正是围绕该抑制剂在胶质母细胞瘤细胞系 GBM12 中的作用展开，目的在于阐明 CDK12 抑制相关的转录变化，并识别受 SR-4835 影响的下游靶点或通路。整体设计为针对 GBM12 细胞在 DMSO（Condition1）或 SR-4835（Condition2）处理条件下的 RNA-seq 数据开展比较基因表达谱分析。
【数据内容】
数据集内容为 GBM12 细胞经 SR-4835 或溶剂对照处理 24 小时后的转录组表达谱，基于 RNA 测序获得。数据覆盖两种处理条件：DMSO 对照与 SR-4835 处理，构成用于比较基因表达谱分析的两组样本。源站描述表明，该数据集包含上述处理条件下的人胶质母细胞瘤细胞系 GBM12 的转录组图谱，研究关注的是 CDK12 抑制后整体转录组层面的表达改变。除处理条件、处理时长和细胞系信息外，源站未提供样本重复数、测序平台、读长、数据量等更细化的技术参数。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本材料为人胶质母细胞瘤细胞系 GBM12，实验处理包括 SR-4835 与溶剂对照 DMSO，处理时间为 24 小时；处理后提取总 RNA 并开展 RNA 测序。数据集的英文名称为“PRJNA1309139: Transcriptomic data of inhibition of CDK12 in GBM12 cell line by SR-4835 treatment”，本站分类归入肿瘤/脑肿瘤，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。关于样本采集地点、伦理审批信息及具体建库流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于胶质母细胞瘤中 CDK12 抑制相关转录组变化的比较分析，可用于考察 SR-4835 处理相对于 DMSO 对照的差异基因表达，进而围绕 CDK12 抑制的下游靶点或受影响通路开展探索。其主题标签表明数据属于转录组或基因表达范畴，适合基因表达谱分析、通路层面解读以及与其他胶质母细胞瘤转录组数据的对照研究。由于数据基于单一细胞系 GBM12 和单一处理时间点，使用时应结合研究目的判断其外推范围。源站未提供该数据集在其他具体应用场景中的验证信息。
【使用方法】
使用时可依据源站描述的比较设计，将 SR-4835 处理组（Condition2）与 DMSO 对照组（Condition1）进行基因表达谱比较，识别差异表达基因并开展下游靶点或通路分析。分析前应确认样本分组与处理条件对应关系，并按 RNA-seq 数据的常规流程进行表达定量与统计比较。关于原始数据下载方式、参考基因组版本、分析软件参数及标准化方法，源站未提供，需依据数据实际发布内容确定。
【质量与限制】
源站描述显示该数据集为 GBM12 细胞系在 SR-4835 或 DMSO 处理 24 小时后的 RNA-seq 比较表达谱分析，设计目标明确。但源站未提供样本重复数量、测序深度、数据质控指标及批次信息，无法据此评估数据的技术质量。数据仅涉及单一细胞系和单一时间点，结论的普适性受限于实验设计范围。源站未提供其他质量与限制相关说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用时应遵循 ncbi.nlm.nih.gov 的相关数据使用政策，并依据数据发布页面获取引用要求。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1309139
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含人胶质母细胞瘤细胞系GBM12经选择性CDK12抑制剂SR-4835处理后的转录组图谱。GBM12细胞经SR-4835或溶剂对照处理24小时，提取总RNA进行RNA测序。本研究旨在阐明胶质母细胞瘤中CDK12抑制相关的转录变化，并鉴定受SR-4835影响的下游靶点或通路。总体设计：对经DMSO（条件1）或SR-4835（条件2）处理的GBM12细胞的RNA-seq数据进行比较基因表达谱分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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