YAP 通过 Rho-GTPase 开关调控细胞迁移与侵袭
BioProject 记录汇集了由单一机构或联盟发起的同一研究计划所产生的多种数据类型，便于用户集中查找相关数据链接。该数据可用于研究 YAP 与 Rho-GTPase 信号在细胞迁移、侵袭中的作用，并支持基因表达层面的转录组分析（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
YAP 通过 Rho-GTPase 开关调控细胞迁移与侵袭
PRJNA1223913 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目记录，其英文名称为“YAP controls cell migration and invasion through a Rho-GTPase switch”。该项目围绕 YAP 与 Rho-GTPase 信号在细胞迁移和侵袭过程中的调控作用展开，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其涉及转录组或基因表达层面的数据。BioProject 记录的设计目的是汇集由单一机构或联盟发起的同一研究计划所产生的多种数据类型，为用户提供集中查找相关数据链接的入口。该数据集在本站被归类于肿瘤 / 脑肿瘤方向，可用于研究 YAP 与 Rho-GTPase 信号在细胞迁移、侵袭中的作用，并支持基因表达层面的转录组分析。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，记录编号为 1223913。BioProject 是一种生物数据集合，用于汇集与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据源自单一组织或联盟。BioProject 记录为用户提供了一个统一的位置，以便查找为该项目生成的多种数据类型所对应的链接。从标题可以看出，该研究计划的核心科学问题是 YAP 如何通过 Rho-GTPase 开关调控细胞迁移和侵袭。本站将其分类为肿瘤 / 脑肿瘤，提示该研究可能与肿瘤生物学，特别是脑肿瘤相关领域存在关联。主题标签“Transcriptome or Gene expression”进一步说明该项目涉及转录组或基因表达方面的数据内容。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容属于转录组或基因表达类型。BioProject 记录本身并不直接包含所有原始数据，而是提供指向该项目所产生的多种数据类型的链接，便于用户集中查找。关于该数据集具体包含哪些样本、采用何种测序平台、产生多少数据量、包含哪些具体文件格式等信息，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。数据集记录于 NCBI BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA1223913。BioProject 记录由单一组织或联盟发起，用于汇集同一研究计划下的多种数据类型。关于该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、实验设计细节等信息，源站未提供。
【适用场景】
根据其主题标签和标题，该数据集可用于研究 YAP 与 Rho-GTPase 信号在细胞迁移、侵袭中的作用，并支持基因表达层面的转录组分析。结合本站分类“肿瘤 / 脑肿瘤”，该数据集可能适用于肿瘤生物学、脑肿瘤相关研究中对 YAP 信号通路、Rho-GTPase 调控机制以及细胞迁移和侵袭过程的探索。此外，由于 BioProject 记录汇集了同一研究计划下的多种数据类型链接，该数据集也适合作为查找相关数据资源的入口，帮助研究者定位与该研究计划相关的转录组或基因表达数据。关于更具体的适用场景，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号为 PRJNA1223913 的记录页面，该页面提供指向该项目所产生的多种数据类型的链接，便于集中查找相关数据。BioProject 记录的设计目的即为用户提供一个单一位置，以发现为该项目生成的不同类型数据。关于如何下载、处理或分析该数据集的具体步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，属于公开的生物项目记录。BioProject 记录汇集了由单一机构或联盟发起的同一研究计划所产生的多种数据类型。关于该数据集的具体质量控制指标、数据完整性、样本量、测序深度、数据覆盖度、潜在偏差或使用限制等信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录于 NCBI BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA1223913。关于该数据集的具体引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策等信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1223913
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
阐明控制非病变细胞和转化细胞侵袭性扩散的机制，对于理解包括癌症进展在内的多种过程至关重要。在此，我们发现Yes相关蛋白（YAP），一个被认为参与调控器官和机体大小的核心转录调节因子，通过直接调节Rac1-GEF蛋白TRIO的内含子增强子来反式激活它，从而调控驱动细胞迁移的Rho-GTPase开关。此外，YAP和TRIO可能通过与STAT3信号通路的潜在交互作用促进侵袭行为，后者是一个潜在的下游靶点。尽管我们在许多细胞类型中发现了这种依赖YAP的浸润程序，但在最常见的恶性脑肿瘤——胶质母细胞瘤（GBM）中，该程序以患者特异性的方式尤为增强，其中YAP、TRIO和STAT3特征的过度激活也导致了不良的临床预后。我们的分析表明，本研究中鉴定的YAP-TRIO-Rho-GTPase信号网络是生理和病理背景下侵袭性细胞扩散的普遍调节因子。
在本数据集中，我们针对两种患者来源的GBM原代细胞系（JHGB612和JHGB651）进行了YAP敲低，并实施了微阵列分析。总体设计：共分析了12个样本。JHGBM612和JHGBM651细胞分别稳定敲低YAP（shYAP）及使用空载体作为对照（shCtrl），每组各有3个重复。提取shYAP和shCtrl细胞进行微阵列分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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