PRJNA1200650：构建miRNA组合作为可能的生物标志物，利用下一代测序区分胶质母细胞瘤和腺癌来源的脑转移患者
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1200650），主题为利用下一代测序构建 miRNA panel，作为区分胶质母细胞瘤与腺癌来源脑转移患者的潜在生物标志物
基本信息
资源简介
PRJNA1200650：构建miRNA组合作为可能的生物标志物，利用下一代测序区分胶质母细胞瘤和腺癌来源的脑转移患者
该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1200650，英文名称为“Construction of a miRNA panel as possible biomarker for separation of glioblastoma and brain metastasis patients with adenocarcinoma origin using next-generation sequencing”。其核心目标是通过下一代测序技术构建 miRNA panel，探索其作为潜在生物标志物，用于区分胶质母细胞瘤与腺癌来源的脑转移患者。该数据集在分类上属于肿瘤 / 脑肿瘤方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据与转录组或基因表达相关。整体来看，该资源围绕脑肿瘤鉴别诊断中的分子标志物筛选问题展开，适合关注 miRNA 表达、脑肿瘤分类及生物标志物发现的研究人员参考。
【数据集背景】
脑肿瘤的鉴别诊断在临床与研究中具有重要意义，尤其是胶质母细胞瘤与腺癌来源的脑转移之间的区分，可能直接影响治疗策略与预后判断。该 BioProject 所对应的研究尝试利用下一代测序技术，构建一个 miRNA panel，并将其作为区分上述两类患者的潜在生物标志物。这一背景说明该数据集并非单纯的测序数据集合，而是服务于特定临床鉴别问题的探索性项目。其主题标签“Transcriptome or Gene expression”进一步表明，项目关注的是基因表达层面的信息，尤其是 miRNA 相关的表达特征。由于 miRNA 在基因调控中具有重要作用，且可能在不同肿瘤类型中呈现表达差异，因此该项目试图从转录组或基因表达角度寻找可用于分类的分子线索。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其内容与转录组或基因表达相关。项目名称明确指出使用下一代测序技术构建 miRNA panel，因此其数据内容应围绕 miRNA 的测序与表达信息展开，并服务于胶质母细胞瘤与腺癌来源脑转移患者的区分。不过，关于具体样本数量、测序平台、miRNA 数量、panel 组成、表达矩阵、分组信息、数据文件格式及数据量等细节，源站未提供。因此，无法进一步描述该数据集包含哪些具体文件、多少样本或哪些临床变量。可以确认的是，该资源属于 BioProject 记录，其描述本身说明 BioProject 是围绕单一研究计划或联盟收集的生物数据集合，并为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一入口。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Construction of a miRNA panel as possible biomarke... (ID 1200650) - BioProject - NCBI”。其英文名称中已说明研究对象为胶质母细胞瘤与腺癌来源的脑转移患者，并采用下一代测序技术。项目编号为 PRJNA1200650，BioProject ID 为 1200650。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、患者纳入与排除标准、测序具体流程、建库方法、测序深度及原始数据生成地点等，源站未提供。因此，该数据集的采集与来源细节只能依据项目标题和 BioProject 的一般定义进行理解，即它来自 NCBI BioProject 体系，并关联某一具体研究计划所生成的生物数据。
【适用场景】
该数据集适用于与脑肿瘤分子分类相关的研究场景，尤其是探索 miRNA 作为生物标志物以区分胶质母细胞瘤与腺癌来源脑转移患者的研究。其主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明，它可用于转录组或基因表达分析相关的工作，例如 miRNA 表达特征比较、候选标志物筛选、panel 构建思路参考以及脑肿瘤鉴别诊断的分子机制探索。此外，由于该资源为 BioProject 记录，也可作为查找该项目所生成的不同数据类型链接的入口，便于研究人员获取相关数据。但具体适用场景是否包括临床诊断、预后评估或治疗指导，源站未提供，因此不应作超出项目标题的推断。
【使用方法】
该数据集为 NCBI BioProject 记录，用户可通过 BioProject ID 1200650 或项目编号 PRJNA1200650 在 NCBI 站点查找该项目，并借助 BioProject 记录所提供的链接入口，获取该项目生成的不同数据类型。项目主题为利用下一代测序构建 miRNA panel，因此使用方法可能涉及对相关测序数据或基因表达数据进行下载、处理与再分析。然而，关于具体下载方式、数据格式、分析流程、软件工具、参考基因组、标准化方法及统计模型等，源站未提供。用户需依据 NCBI BioProject 页面实际提供的链接与说明进行操作。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源体系。其项目描述说明 BioProject 是围绕单一研究计划或联盟收集的生物数据集合，并提供查找不同数据类型链接的统一入口。但关于该数据集的质量控制指标、测序质量、样本完整性、批次效应、数据覆盖度、重复性、验证程度及潜在偏倚等，源站未提供。此外，该研究标题中使用“possible biomarker”表述，说明其 panel 仍处于潜在生物标志物探索阶段，是否已获临床验证、是否适用于独立队列，源站未提供。因此，使用该数据集时应结合原始项目页面信息自行评估其适用性与局限性。
【引用与许可】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Construction of a miRNA panel as possible biomarke... (ID 1200650) - BioProject - NCBI”，英文名称为“PRJNA1200650: Construction of a miRNA panel as possible biomarker for separation of glioblastoma and brain metastasis patients with adenocarcinoma origin using next-generation sequencing”。关于该数据集的引用方式、作者列表、发表文献、数据许可协议、使用限制及商业使用条件等，源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关政策，并依据项目页面所提供的信息进行规范引用与合规使用。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1200650
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
采用下一代测序技术，对比了6例胶质母细胞瘤患者肿瘤脑组织样本与6例源自肺腺癌的脑转移患者样本的miRNA表达模式。为了分析GBM与LUAD-BM病例间miRNA表达水平的差异，我们使用iDEP 1.1软件对两组各6个样本的NGS数据集进行了聚类分析。通过iDEP 1.1网络工具应用DESeq2算法计算Log2FC值，以确定失调miRNA上调和下调的具体水平。分析结果显示，在错误发现率(FDR)<0.05且倍数变化>2的阈值下，共检测到99个已知miRNA表达发生改变。其中，与GBM样本相比，LUAD-BM组织样本中有62个miRNA上调(log2FC > 2)，37个miRNA下调(log2FC < -2)，具有生物学相关性。为验证NGS所得结果，选取了四个上调miRNA：hsa-miR-200c-5p、hsa-miR-141-5p、hsa-miR-200a-5p、hsa-miR-375-3p以及两个下调miRNA：hsa-miR-410-3p、hsa-miR-9-5p，进行RT-qPCR分析。
在该比较中，hsa-miR-200c-5p、hsa-miR-141-5p、hsa-miR-200a-5p、hsa-miR-375-3p显著上调，而hsa-miR-410-3p、hsa-miR-9-5p在LUAD-BM与GBM比较中显著下调。总体设计：组织样本采集自6名确诊为GBM的个体脑肿瘤区域，以及6名LUAD-BM患者的脑肿瘤区域。两组中的所有样本均经组织病理学确认。这些术中快速冷冻组织样本保存于-80⁰C直至进一步处理。分别从GBM和LUAD-BM的组织样本中分离总RNA。通过应用Illumina NextSeq500平台进行RNA测序，包括microRNA测序，研究全局转录组谱。所有样本均包含3个重复。为了识别
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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