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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA119245：离体CD133+ GBM细胞的分子分析揭示高级别胶质瘤共有的侵袭和血管生成特征但增殖特征不同

该数据集为 NCBI BioProject 中收录的一项人类（Homo sapiens）研究项目，项目编号为 PRJNA119245，英文标题为“Molecular analysis of ex-vivo CD133+ GBM cells revealed a common invasive and angiogenic profile but different proliferative signatures among high grade gliomas.”。从标题可以看出，该项目围绕离体培养的 CD133 阳性胶质母细胞瘤（GBM）细胞展开分子层面的分析，关注高级别胶质瘤在侵袭、血管生成以及增殖特征方面的表现。数据集在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤方向，主题标签为转录组或基因表达。整体而言，这是一个以基因表达和转录组数据为核心的生物项目记录，旨在为研究胶质母细胞瘤相关分子机制提供可检索、可关联的数据入口。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是高级别胶质瘤中具有高度侵袭性的类型，其分子特征复杂，不同肿瘤之间既可能存在共性，也可能在增殖等表型上表现出差异。该项目以离体 CD133+ GBM 细胞为研究对象，试图从分子层面揭示这类细胞在侵袭和血管生成方面是否具有共同特征，同时考察不同高级别胶质瘤之间增殖相关信号是否存在差异。项目标题直接点明了这一研究目标，即“common invasive and angiogenic profile but different proliferative signatures among high grade gliomas”。该 BioProject 记录由 NCBI 维护，作为一项独立研究计划的生物数据集合，为用户提供访问相关数据类型的统一入口。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容主要涉及转录组或基因表达层面。项目标题中的“Molecular analysis”也指向对离体 CD133+ GBM 细胞进行分子分析。除此之外，关于具体样本数量、测序平台、表达矩阵、差异基因列表、分析流程或原始数据文件格式等细节，源站未提供。因此，无法从现有信息中确定该数据集包含哪些具体的表达谱文件或分析结果文件。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 119245，物种为 Homo sapiens。BioProject 作为一项生物数据集合，通常来自单一机构或联盟，旨在为某一研究计划所生成的不同数据类型提供集中链接。该记录本身即属于此类项目记录，用户可通过其链接到该项目相关的多种数据类型。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、细胞培养条件或供者临床信息等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和标题，该数据集可适用于与胶质母细胞瘤分子机制相关的研究场景，例如转录组或基因表达层面的探索、CD133+ 细胞相关分子特征的分析，以及高级别胶质瘤侵袭、血管生成和增殖特征比较等方向。由于 BioProject 记录提供的是项目级入口，它也可用于数据检索、项目关联和跨数据类型发现。但具体适用性取决于该项目实际包含的数据类型和分析内容，源站未提供更详细的说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 中编号为 119245 的记录访问该项目，并借助该记录链接到项目所生成的不同数据类型。关于如何下载原始数据、如何获取表达矩阵、是否需要特定工具进行分析、是否有配套的分析脚本或使用说明，源站未提供。因此，具体使用步骤和操作方式需以源站实际提供的链接和文件为准。

【质量与限制】

该记录来自 NCBI BioProject，属于项目级元数据描述，其本身并不等同于完整的实验方案或分析报告。当前可确认的信息包括项目编号、物种、标题、分类、主题标签和来源站，但缺少样本量、平台、数据量、分析方法和质控指标等关键细节。由于这些信息源站未提供，无法对数据质量、覆盖度、偏差或可重复性做出进一步判断。使用时应结合源站实际数据文件和相关发表文献进行核实。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18015

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA119245

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：胶质瘤是最常见的原发性脑肿瘤类型，其中胶质母细胞瘤（GBM）属于高级别胶质瘤，进展迅速且预后不佳。胶质瘤生物学中导致其不良预后的两个主要方面是通过血管生成过程形成新血管以及胶质瘤细胞的侵袭。尽管取得了进展，但接受最佳治疗的GBM患者两年生存率仍低于30%。即使在那些低级别胶质瘤患者中，虽然意味着预后相对较好，但治疗几乎从未能治愈。近期研究表明，存在一小部分具有神经干细胞特征的胶质瘤细胞，这些细胞能够在体外生长形成神经球，并可在体内利用CD133等表面标志物进行分离。本研究的目的是比较表达CD133的GBM细胞与不表达CD133细胞的分子特征。这种分子分类可能有助于发现新的潜在治疗靶点，为高级别GBM的合理治疗提供依据。

方法：为研究经FACS分选分离的CD133阳性和阴性群体的基因表达特征，使用了8例新鲜、原发性且未经培养的GBM。数据集通过Affymetrix U133 Plus 2芯片生成，并使用Affymetrix Expression Console软件进行分析。此外，通过CGH芯片、FISH研究和MLPA对这些肿瘤进行了基因组分析。结果：对每例肿瘤中CD133+与CD133-细胞群体的基因表达分析显示，CD133+细胞在所有胶质母细胞瘤样本中呈现共同特征（参与血管生成、通透性的基因上调，而参与细胞组装、神经细胞组织及神经系统疾病的基因下调）。此外，基因表达的无监督聚类使我们能够区分两组样本：那些表

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别