PRJNA1147183：胶质母细胞瘤生态系统多层转录架构 [smart-seq2]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1147183

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为全面界定胶质母细胞瘤（GBM）的细胞异质性，GBM CARE（耐药与演化细胞分析）联盟着手通过单核RNA测序和肿瘤批量DNA测序，对121例具有详尽临床注释的GBM进行图谱绘制。由此产生的数据集使我们能够从三个层面刻画GBM的异质性。首先，根据细胞组成对GBM进行分类，涵盖恶性细胞、免疫细胞、神经元和胶质细胞类型。其次，在每种细胞类型内部，尤其是在恶性细胞中，我们描述了细胞状态的多样性及其基于通路的功能活动。第三，在控制细胞状态频率后，我们发现GBM之间剩余的变异凸显出三个基线基因表达程序，我们将其标记为神经元型、胶质型和细胞外基质型。这三个层面的异质性相互关联，并部分与特定的遗传畸变相关，从而定义了GBM中三种刻板的生态系统。这项工作为GBM多层转录结构提供了前所未有的视角。

总体设计：从冷冻肿瘤组织中分离细胞核。通过显微镜检查核悬液，使用血细胞计数板计数，并用于Smart-seq2流程。文件All_cells_metadata.xlsx包含本研究中分析的所有单个细胞核的信息。>>>提交者声明，由于患者隐私问题，原始数据不可获取。<<<

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。